Python: 从 igraph 文件中读取邻接矩阵

Question

我的问题很简单，但是网上实在找不到！

我有一个加权有向图的邻接矩阵，如下所示：

1    2    3    4    
5    2    4    6  
3    5    6    2
4    6    7    8

所以第i列第j行的元素，表示节点i和j之间link的权重

如何将此文件（可以是 txt 或 csv 格式）读取为矩阵以在 igraph 中使用？我想找到集群的数量。所以，我想要这样的东西： g.community_multilevel() 如果 g 是我的矩阵。

Answer 1

我假设您已经在 machine 上安装了 igraph 和 cairo。如果不是，并且您在 mac 上，请参阅 . The method you want to use is Read_Adjacency() which is documented here。为了阅读你的图表，我使用了类似这样的 python 代码：

import igraph 
from igraph import * 
g=Graph.Read_Adjacency(f="soAdj",sep=None, comment_char='#',attribute="weighted")
plot(g, "readAdjSoExample.pdf",layout="circle")

剧情会是这样的：

并且您可以访问权重以验证它们是否已通过如下命令正确读取：g.es[3] 给出结果 igraph.Edge(<igraph.Graph object at 0x10f614bf0>, 3, {'weighted': 4.0}) OP 提到了文本与 csv 格式，区别在于您将哪个分隔符作为字符串包含在方法的 sep= 参数中。

Python: 从 igraph 文件中读取邻接矩阵

Python: read adjacency matrix from file for igraph

python

igraph

adjacency-matrix