如何预测 cox 回归的 brier 分数？

Question

我在数据集上使用 mlr package to do machine learning in R. I am using a the cvcoxboost 算法，想计算输出的 brier 分数。

这应该可行，因为 listMeasures(cvcoxboost.tsk) 还列出了测量值 ibrier。整个代码如下所示：

cvcoxboost.lrn = makeLearner("surv.cv.CoxBoost") 
cvcoxboost.tsk = makeSurvTask(data = data, target = c("time", "event"))
cvcoxboost.mod = train(cvcoxboost.lrn, cvcoxboost.tsk, subset = data.train) 
cvcoxboost.tsk.pred = predict(cvcoxboost.mod, task = cvcoxboost.tsk, subset = data.test)

listMeasures(cvcoxboost.tsk) # "iauc.uno" "featperc"    "ibrier"      "timeboth"  "timetrain"   "timepredict" "cindex.uno"  "cindex"  

performance(cvcoxboost.tsk.pred, measures = mlr::cindex)
performance(cvcoxboost.tsk.pred, measures = cindex.uno, model = cvcoxboost.mod, task = cvcoxboost.tsk)
performance(cvcoxboost.tsk.pred, measures = mlr::ibrier, model = cvcoxboost.mod, task = cvcoxboost.tsk)

...我收到错误 No method for evaluating predicted probabilities from objects in class: CoxBoost。

Answer 1

ibrier 仅适用于 pec 包支持的某些学习器，如 randomForestSRC 或 cox。目前还没有足够的文档记录，但您可以查看 pec 包以了解支持哪些模型。

如何预测 cox 回归的 brier 分数？

How to predict the brier score for a cox regression?

r

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mlr