从 SRE_Match 个对象 (Python) 获取跨度和匹配值

Question

我正在尝试在 DNA 序列中找到特定长度（范围为 4 到 12）的匹配项

下面是代码：

import re
positions =[]
for i in range(4,12):
    for j in range(len(dna)- i+1):
        positions.append(re.search(dna[j:j+i],comp_dna))

#Remove the 'None' from the search
position_hits = [x for x in positions if x is not None]

我明白了：

[<_sre.SRE_Match object; span=(0, 4), match='ATGC'>,.........]

如何从跨度和匹配中提取值？我试过 .group() 但它抛出了一个错误

AttributeError: 'list' object has no attribute 'group'

Answer 1

如果你想修复当前的方法，你可以使用

position_hits = [x.group() for x in positions if x]

您可以直接在 for 循环中获取所有匹配项：

import re
position_hits = []
for i in range(4,12):
    for j in range(len(dna)-i+1):
        m = re.search(dna[j:j+i],comp_dna)
        position_hits.append(m.group())

从 SRE_Match 个对象 (Python) 获取跨度和匹配值

Get span and match values from SRE_Match objects(Python)

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