使用 fitdistrplus 包中的 fitdist() 时抑制错误消息

Question

我正在使用 fitdistrplus 包中的某些函数作为我正在创建的包的一部分。

我试图阻止在函数运行时在控制台中显示任何错误消息，而是想将错误消息记录在我正在创建的错误日志中。

在大多数情况下，使用 tryCatch() 可以让我实现这一目标。

但特别是对于 fitdist() 函数，即使消息正在写入错误日志（意味着 tryCatch() 表达式正在运行），我也无法抑制在控制台中打印的错误消息.

我已经在下面的代码中复制了我的问题。

library(fitdistrplus)

file.create("error_log.txt")

func_desc<-function(x){
  tryCatch({
    descdist(data = x)
  },error = function(e){
    write(x = paste(Sys.time(),"Error in func_desc :",e$message,sep = " "),file = "error_log.txt",append = T,sep = "\n")
  })
}

func_fit<-function(x,dist){
  tryCatch({
    fitdist(data = x,distr = dist)
  },error = function(e){
    write(x = paste(Sys.time(),"Error in func_fit :",e$message,sep = " "),file = "error_log.txt",append = T,sep = "\n")
  })
}

# Creating a vector of repeated values which will result in an error
test<-rep(x = 1,times = 10)

func_desc(x = test)
# Results in an error and the message is written to the error log and not printed in the console

func_fit(x = test,dist = "beta")
# Results in an error and the message is both written to the error log and printed in the console

我想禁止 func_fit() 打印此错误消息。

我已经尝试过以下替代方案：

try() 与 silent = TRUE。错误消息仍然被打印出来。
conditionMessage() 给出相同的结果。
withCallingHandlers() 已在一些帖子和话题中提出，但我不确定如何正确实施它。
在函数中使用 invisible() 仍然打印错误。

Answer 1

这是因为 fitdist（或者实际上，fitdist 调用的 mledist）已经在进行一些错误捕获。原来错误在optim，已经被捕获，然后mledist打印到控制台错误信息。因此，您看到的并不是真正的错误，甚至不是警告，而是包含已捕获错误消息内容的打印语句。

执行此操作的 mledist 位是：

    if (inherits(opttryerror, "try-error")) {
        warnings("The function optim encountered an error and stopped.")
        if (getOption("show.error.messages")) 
            print(attr(opttryerror, "condition"))
        return(list(estimate = rep(NA, length(vstart)), convergence = 100, 
            loglik = NA, hessian = NA, optim.function = opt.fun, 
            fix.arg = fix.arg, optim.method = meth, fix.arg.fun = fix.arg.fun, 
            counts = c(NA, NA)))
    }

这不是很好的做法，正是因为它会导致您现在遇到的问题；它会阻止其他人系统地处理错误。

正如您从该代码中看到的那样，您可以通过将 show.error.messages 选项设置为 FALSE 来关闭此功能：

options(show.error.messages = FALSE)

但您要小心，因为您不会在 R 会话的其余部分看到任何错误消息。您绝对不想在其他人的会话中这样做。

另一种选择是使用 sink("extra-error-messages.txt") 将所有打印发送到某处的控制台（甚至可能发送到您的 error_log.txt 但我不确定这是否会导致多个内容写入的问题它）。

使用 fitdistrplus 包中的 fitdist() 时抑制错误消息

Suppress error message when using fitdist() from the fitdistrplus package

error-handling

r

error-suppression

try-catch

fitdistrplus