以特定顺序 R 对稀疏矩阵中的列进行排序

Question

我有一个很大的稀疏矩阵 m，其中行是基因，列是条形码，我想按特定顺序对列进行排序。

> m = matrix(c(2,3,3,1,0,7), nrow=2, ncol=3)
> dimnames(m) = list(c("gene1", "gene2"), c("A-1", "B-1", "C-2"))
> m
      A-1 B-1 C-2
gene1   2   3   0
gene2   3   1   7
>

我有另一个数据框，其中第一列包含按排序顺序排列的所有条形码。

> colnames(df) <- c('Barcode', "Cluster")
> df
  Barcode Cluster
1     B-1       9
2     C-2       1
3     A-1       14
>

如何对稀疏矩阵 m 进行排序才能得到它？

> m
      B-1 C-2 A-1
gene1   3   0   2
gene2   1   7   3

Answer 1

假设 df$Barcode 是 'character' class 您可以执行以下操作：

m <- m[df$条码]

例如这适用于您的示例：

m <- m[c("B-1","C-2","A-1")]

> m
      B-1 C-2 A-1
gene1   3   0   2
gene2   1   7   3

以特定顺序 R 对稀疏矩阵中的列进行排序

Sorting columns in a sparse matrix with specific order R

r

sparse-matrix