我在哪里可以找到以前由 allensdk.CellTypesCache.get_cells() 返回的数据

Question

在 allensdk 版本 0.14.5 之前，CellTypesCache.get_cells() 函数返回一个大型嵌套结构，其中包含有关细胞形态、ephys 特征、位置、解剖结构、组织供体等的信息。在版本 0.14.5 中, 返回的结构是扁平的并且小得多。

我看到其中一些信息可以通过 get_ephys_features() 和 get_morphology_features() 获得，但我不确定在哪里可以找到其余信息。我在哪里可以找到如何将我的代码迁移到新的 allensdk 版本？

Answer 1

好问题。我们简化了从 CellTypesCache.get_cells 返回的字典，原因如下：

1. 有大量字段各不相同：无法解释、无用、分散注意力、and/or 与其他函数返回的数据冗余。
2. 大脑结构的处理方式使得跨物种按皮质层过滤细胞变得非常困难。
3. 查询涉及大量联接，速度相当慢。

(2) 可能是我们需要解决的最紧迫的问题。新的字典结构在这里有更详细的解释：

https://github.com/AllenInstitute/AllenSDK/wiki/Release-Notes-(0.14.5)

您应该寻找 ephys，这是正确的。 CellTypesCache.get_ephys_features 和 CellTypesCache.get_morphology_features（或只是 CellTypesCache.get_all_features）的形态学特征。

如果您在旧词典结构中使用的任何字段在当前词典中现在不可用，请告诉我，我们可以重新找到它们。