R on MacOS Error: vector memory exhausted (limit reached?)
R on MacOS Error: vector memory exhausted (limit reached?)
我正在尝试 运行 R 脚本（特别是，我正在使用 Bioconductor 包中的“getLineages”函数，Slingshot。
我想知道为什么当我使用这个函数时会出现错误“向量内存耗尽（达到限制？）”，因为与其他函数相比，它似乎不是最占用内存的函数在此包中（包含我正在分析的数据）。
我知道 Whosebug 上还有其他类似的问题，但他们都建议切换到 64 位版本的 R。但是，我已经在使用这个版本。目前这个问题好像没有其他答案，不知道有没有人知道？
数据大小只有 ~120mb，远远小于我电脑的 8GB RAM。
对于那些使用 Rstudio 的人，我发现设置 Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)，正如多个 Whosebug 帖子所建议的那样，只能在命令行上工作，并且在使用 Rstudio 时设置该参数并不能阻止这种情况错误：
Error: vector memory exhausted (limit reached?)
经过更多阅读，我找到了 this 线程，它阐明了 Rstudio 的问题，并确定了解决方案，如下所示：
第 1 步：打开终端，
第 2 步：
cd ~
touch .Renviron
open .Renviron
第 3 步：将以下内容保存为 .Renviron 的第一行：
R_MAX_VSIZE=100Gb
注意：此限制包括物理内存和虚拟内存；因此在物理内存为 16Gb 的机器上设置 _MAX_VSIZE=16Gb 可能无法避免此错误。您可能需要使用此参数，具体取决于您机器的规格
我有同样的问题，增加 "R_MAX_VSIZE" 对我的情况没有帮助，而是清理不再需要的变量解决了问题。希望这能帮助那些在这里挣扎的人。
rm(large_df, large_list, large_vector, temp_variables)
这也可以通过 R studio 完成。
library(usethis)
usethis::edit_r_environ()
when the tab opens up in R studio, add this to the 1st line: R_MAX_VSIZE=100Gb (or whatever memory you wish to allocate).
重新启动 R and/or 重新启动计算机并再次 运行 给您带来内存错误的 R 命令。
我正在尝试 运行 R 脚本（特别是，我正在使用 Bioconductor 包中的“getLineages”函数，Slingshot。
我想知道为什么当我使用这个函数时会出现错误“向量内存耗尽（达到限制？）”，因为与其他函数相比，它似乎不是最占用内存的函数在此包中（包含我正在分析的数据）。
我知道 Whosebug 上还有其他类似的问题，但他们都建议切换到 64 位版本的 R。但是，我已经在使用这个版本。目前这个问题好像没有其他答案，不知道有没有人知道？
数据大小只有 ~120mb，远远小于我电脑的 8GB RAM。
对于那些使用 Rstudio 的人，我发现设置 Sys.setenv('R_MAX_VSIZE'=32000000000)，正如多个 Whosebug 帖子所建议的那样，只能在命令行上工作，并且在使用 Rstudio 时设置该参数并不能阻止这种情况错误：
Error: vector memory exhausted (limit reached?)
经过更多阅读，我找到了 this 线程，它阐明了 Rstudio 的问题，并确定了解决方案，如下所示：
第 1 步：打开终端，
第 2 步：
cd ~
touch .Renviron
open .Renviron
第 3 步：将以下内容保存为 .Renviron 的第一行：
R_MAX_VSIZE=100Gb
注意：此限制包括物理内存和虚拟内存；因此在物理内存为 16Gb 的机器上设置 _MAX_VSIZE=16Gb 可能无法避免此错误。您可能需要使用此参数，具体取决于您机器的规格
我有同样的问题，增加 "R_MAX_VSIZE" 对我的情况没有帮助，而是清理不再需要的变量解决了问题。希望这能帮助那些在这里挣扎的人。
rm(large_df, large_list, large_vector, temp_variables)
这也可以通过 R studio 完成。
library(usethis)
usethis::edit_r_environ()
when the tab opens up in R studio, add this to the 1st line: R_MAX_VSIZE=100Gb (or whatever memory you wish to allocate).
重新启动 R and/or 重新启动计算机并再次 运行 给您带来内存错误的 R 命令。