阅读 R 代码时阅读 roxygen2 @importFrom

Question

目标

我想将 R 函数读取到环境中，并将其导入 roxygen2 在线文档中列出的依赖函数。这模仿了加载 R 包的行为，但是对于不是包的一部分的 R 脚本也是如此。

如何获取包外的 R 函数并像在包中一样导入它所依赖的函数？

代表

示例 R 函数（不是包的一部分）

gh_file.R 是一个从 GitHub 存储库下载文件的 R 函数。它不是包的一部分，而是作为 GitHub gist.

提供

看一眼 roxygen2 的评论就知道 gh_file.R 应该从其他包中导入几个函数。

#' @importFrom gh gh
#' @importFrom stringi stri_match_all_regex
#' @importFrom purrr %||% keep
#' @importFrom base64enc  base64decode

尝试读取 + 导入依赖函数

# read in the R function from GitHub Gist
library(devtools)
devtools::source_gist("gist.github.com/noamross/73944d85cad545ae89efaa4d90b049db",
                      filename = "gh_file.R")

# attempt to use new R function to import a .csv file from GitHub (FAILS)
ghurl <- "github.com/wpetry/RockyMountainAphids/blob/master/Palmer1952hostlist.csv"
aphids <- read.csv(text = readBin(gh_file(url = ghurl, to_disk = FALSE)))

returns 错误：

Error in stri_match_all_regex(url, "(github\.com/)?([^\/]+)/([^\/]+)/[^\/]+/([^\/]+)/([^\?]+)") : 
could not find function "stri_match_all_regex"

期望的行为（需要加载所有从中导入 R 函数的包）

# load packages from which gh_file.R function imports
library(gh)
library(stringi)
library(purrr)
library(base64enc)

aphids <- read.csv(text = readBin(gh_file(url = ghurl, to_disk = FALSE), "character"))
head(aphids)

有效！

              host host_common               aphid
1   Abies concolor   White Fir     Cinara curvipes
2   Abies concolor   White Fir Cinara occidentalis
3 Abies lasiocarpa  Alpine Fir     Cinara curvipes
4 Abies lasiocarpa  Alpine Fir  Cinara lasiocarpae
5 Abies lasiocarpa  Alpine Fir Cinara occidentalis
6 Abies lasiocarpa  Alpine Fir  Mindarus abietinus

Answer 1

您可以解析库列表的脚本，然后加载它们。

loadlib <- function(fpath) {
    l <- readLines(fpath)
    libs <- lapply(strsplit(l[grepl("@import", l)], " "), `[[`, 3)
    lapply(libs, library, character.only=TRUE)
}

loadlib("gh_file.R")

阅读 R 代码时阅读 roxygen2 @importFrom

read roxygen2 @importFrom when reading R code

r

devtools

roxygen2

目标

代表

示例 R 函数（不是包的一部分）

尝试读取 + 导入依赖函数

期望的行为（需要加载所有从中导入 R 函数的包）