R：根据一列中的数据绘制矩阵中的数据

Question

我有一个包含 >200 个数据点的矩阵。这是我的对象 x。在第二个对象（元数据）中，我有一个包含 20 个数据点的列 (y)。我想根据对象元数据

中的 20 个数据点 (y) 绘制矩阵（对象 x）

plot(x, metadata$y)

不起作用，因为 x 和 y 长度不同。有可能绘制这个吗？

矩阵 x:

    X1  X4  X7  X9
X4  0.7                                                            
X7  0.8 0.5                                                  
X9  0.6 0.6 0.7

元数据

X1 65.4
X4 9.7
X7 47.4
X9 14.5

元数据$y：65.4 9.7 47.4 14.5

Answer 1

这是一个 tidyverse 解决方案：好的，使用这些数据框（post 底部的结构）：

> df
    X1  X4  X7 X9
X4 0.7  NA  NA NA
X7 0.8 0.5  NA NA
X9 0.6 0.6 0.7 NA

> metadata
      y
X1 65.4
X4  9.7
X7 47.4
X9 14.5

首先，为简单起见，从 metadata 中提取 rownames()：

metadata$x <- rownames(metadata)

> metadata
      y  x
X1 65.4 X1
X4  9.7 X4
X7 47.4 X7
X9 14.5 X9

现在使用 gather 将 x 矩阵转换为长格式数据帧，使用 'x' 作为键，就像上面的 rownames 步骤一样。接下来，使用 left_join 将元数据连接到长数据帧，使用两个数据帧中的 x 作为公共列。

long <- gather(df, key = "x") %>%
  left_join(metadata, by = "x")

> long
    x value    y
1  X1   0.7 65.4
2  X1   0.8 65.4
3  X1   0.6 65.4
4  X4    NA  9.7
5  X4   0.5  9.7
6  X4   0.6  9.7
7  X7    NA 47.4
8  X7    NA 47.4
9  X7   0.7 47.4
10 X9    NA 14.5
11 X9    NA 14.5
12 X9    NA 14.5

剧情：

plot(value ~ y, data = long, pch = 19)

数据：

df <-
  structure(
    list(
      X1 = c(0.7, 0.8, 0.6),
      X4 = c(NA, 0.5, 0.6),
      X7 = c(NA,
             NA, 0.7),
      X9 = c(NA, NA, NA)
    ),
    .Names = c("X1", "X4", "X7", "X9"),
    row.names = c("X4", "X7", "X9"),
    class = "data.frame"
  )

metadata <-
  structure(
    list(y = c(65.4, 9.7, 47.4, 14.5)),
    .Names = "y",
    row.names = c("X1",
                  "X4", "X7", "X9"),
    class = "data.frame"
  )

Answer 2

看起来很像你的x不是一个完整的矩阵，而是对称相异矩阵的下三角部分。 class(x) 是说 "dist" 吗？如果是这样，您可以将差异更改为具有 as.matrix(x) 的对称矩阵，然后它匹配 y(metadata).

的长度

这与另一个答案中提出的技巧相同，不同之处在于它为您提供了一个对称矩阵，而不是在上对角线上具有 NA。你应该知道哪个是正确的决定。

R：根据一列中的数据绘制矩阵中的数据

R: Plot data in matrix against data from one column

plot

r

matrix

scatter-plot

vegan

数据：