覆盖不同的 ggplot2 对象

Question

我之前曾尝试寻求帮助，但并没有真正解决我的问题。更多信息可以在这里找到：（你可以在这里找到数据集）

不幸的是，我无法为 post 提供可靠的示例，因为我的代码很大程度上基于外部程序。我很肯定，尽管我的问题无论如何都能得到回答。

我创建了 2 个 ggplot2 对象，这些对象需要组合成一个图形，一个叠加在另一个之上。

即class的一个km.plot:

class(km.plot$plot)
1 "gg" "ggplot"

还有两个：

class(surv.plot)
1 "gg" "ggplot"

两者具有相同的属性

km.plot$情节

surv.plot

我的问题是如何将生成的图组合成一个图？也就是说，让 surv.plot 和 km.plot$plot 相互重叠。

按照另一位用户的建议执行以下操作会导致错误：

 km.plot$plot + surv.plot$layers[[1]]
 Error in FUN(X[[i]], ...) : object 'label' not found

我认为这个错误与以下几行有关

 > surv.plot$layers
 [[1]]
 mapping: y = ~mean, group = ~label, colour = ~label 
 geom_line: na.rm = FALSE
 stat_identity: na.rm = FALSE
 position_identity 

 ggplot(data, aes(x=t)) +
 geom_line(aes(y= mean, group= label, colour= label), size=1.5) +

但我也添加了，inherit.aes = FALSE 但没有解决我的问题。

我也查了：

> head(surv.plot)
$`data`
curve           t      mean        lci       uci label
1    weibull  0.00000000 1.0000000 1.00000000 1.0000000  Cabo
2    weibull  0.05514645 0.9995771 0.99816278 0.9999721  Cabo
3    weibull  0.11029289 0.9990793 0.99646259 0.9999098  Cabo
4    weibull  0.16543934 0.9985407 0.99479769 0.9998211  Cabo
5    weibull  0.22058579 0.9979715 0.99316001 0.9997176  Cabo



 > head(km.plot)
 $`plot`

 $`data.survplot`
 time n.risk n.event n.censor      surv    std.err     upper     lower
 1   0.4271047     79       0        1 1.0000000 0.00000000 1.0000000 1.0000000
 2   1.0841889     78       1        0 0.9871795 0.01290349 1.0000000 0.9625264
 3   1.3470226     77       1        0 0.9743590 0.01836796 1.0000000 0.9399054
 4   3.9753593     76       1        0 0.9615385 0.02264554 1.0000000 0.9197944
 5   4.0082136     75       1        0 0.9487179 0.02632491 0.9989527 0.9010094

我很困惑。我几乎可以肯定这可以完成，因为这两个对象在结构方面基本相同，所以我看不出为什么不能这样做。但我已经花了很长时间，没有希望。我真的希望有人能指导我！

感谢您花时间阅读本文post

Answer 1

发生这种情况是因为 surv.plot 层包含名为 label 的变量的映射，该变量未包含在 km.plot 的数据中。您应该能够通过在创建 surv.plot 时将 surv.plot 数据作为参数添加到 geom 而不是 ggplot() 来解决这个问题。这样绘制图层所需的数据将 "travel with" 它。

我们可以用更简单的数据来说明这一点。让我们首先从数据创建一个图只有几列：

library(tidyverse)

df1 <- mtcars %>% 
  select(mpg, wt)

# This represents `km.plot`
(p <- ggplot(df1, aes(wt, mpg)) + geom_point())

现在我们可以尝试添加一个图层，该图层依赖于 df1 中未包含的列上一个剧情：

df2 <- mtcars %>% 
  select(mpg, wt, cyl)

q1 <- ggplot(df2, aes(wt, mpg)) +
  geom_smooth(aes(color = factor(cyl)), method = "lm")

p + q1$layers[[1]]
#> Error in factor(cyl): object 'cyl' not found

q2 <- ggplot() +
  geom_smooth(data = df2, aes(wt, mpg, color = factor(cyl)), method = "lm")

p + q2$layers[[1]]

由 reprex package (v0.2.0.9000) 创建于 2018-07-23。

覆盖不同的 ggplot2 对象

Overlay different ggplot2 objects

r

survival

ggplot2