如何在 Numba 中使用指针包装 CFFI 函数

Question

这应该是一件容易的事，但我找不到如何将标量值的指针传递给 Numba 函数中的 CFFI 函数的方法。使用 ffi.from_buffer.

传递指向数组的指针没有问题

示例函数

import cffi

ffi = cffi.FFI()
defs="void foo_f(int a,double *b);"
ffi.cdef(defs, override=True)
source="""
#include <stdio.h>;
void foo_f(int a,double *b){
  printf("%i",a);
  printf("   ");
  printf("%f",b[0]);
  }

"""
ffi.set_source(module_name="foo",source=source)
ffi.compile()

传递指向数组的指针

import numpy as np
import numba as nb
import cffi
ffi = cffi.FFI()
import numpy as np
import ctypes
import foo
nb.cffi_support.register_module(foo)
foo_f = foo.lib.foo_f

@nb.njit()
def Test(a,b):
  a_wrap=np.int32(a)
  #This works for an array
  b_wrap=ffi.from_buffer(b.astype(np.float64))
  foo_f(a_wrap,b_wrap)


a=64.
b=np.ones(5)
Test(a,b)

这没有问题，但是如何在不修改 CFFI 函数本身的情况下修改 Test 函数以获取标量值 b=5.？

Answer 1

使用 Numba 通过引用传递标量值

为了获得有用的计时，我对包装函数进行了一些修改。该函数只是将标量（按值传递）添加到标量 b（按引用传递）。

使用内部函数的方法的优缺点

仅在 nopython 模式下工作
运行时间短的 C 或 Fortran 函数速度更快 (real-world example)

示例函数

import cffi

ffi = cffi.FFI()
defs="void foo_f(double a,double *b);"
ffi.cdef(defs, override=True)
source="""
void foo_f(double a,double *b){
  b[0]+=a;
  }
"""
ffi.set_source(module_name="foo",source=source)
ffi.compile()

包装器使用临时数组

这很简单，但是需要分配一个大小为 1 的数组，这很慢。

import numpy as np
import numba as nb
from numba import cffi_support
import cffi
ffi = cffi.FFI()
import foo

nb.cffi_support.register_module(foo)
foo_f = foo.lib.foo_f

@nb.njit("float64(float64,float64)")
def method_using_arrays(a,b):
    b_arr=np.empty(1,dtype=np.float64)
    b_arr[0]=b
    b_arr_ptr=b_wrap=ffi.from_buffer(b_arr)
    foo_f(a,b_arr_ptr)
    return b_arr[0]

使用内在函数的包装器

from numba import types
from numba.extending import intrinsic
from numba import cgutils

@intrinsic
def ptr_from_val(typingctx, data):
    def impl(context, builder, signature, args):
        ptr = cgutils.alloca_once_value(builder,args[0])
        return ptr
    sig = types.CPointer(data)(data)
    return sig, impl

@intrinsic
def val_from_ptr(typingctx, data):
    def impl(context, builder, signature, args):
        val = builder.load(args[0])
        return val
    sig = data.dtype(data)
    return sig, impl

@nb.njit("float64(float64,float64)")
def method_using_intrinsics(a,b):
    b_ptr=ptr_from_val(b)
    foo_f(a,b_ptr)
    return val_from_ptr(b_ptr)

计时

#Just call the wrapped function a few times
@nb.njit()
def timing_method_using_intrinsics(a,b):
    for i in range(1000):
        b=method_using_intrinsics(a,b)
    return b

#Just call the wrapped function a few times
@nb.njit()
def timing_method_using_arrays(a,b):
    for i in range(1000):
        b=method_using_arrays(a,b)
    return b

a=1.
b=1.

%timeit timing_method_using_intrinsics(a,b)
#5.15 µs ± 33.9 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 100000 loops each)
%timeit timing_method_using_arrays(a,b)
#121 µs ± 601 ns per loop (mean ± std. dev. of 7 runs, 10000 loops each)

如何在 Numba 中使用指针包装 CFFI 函数

How to wrap a CFFI function in Numba taking Pointers

python

performance

numpy

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numba

使用 Numba 通过引用传递标量值