具有已计算平均值、置信区间和最小最大值的 R 箱线图

Question

我正在尝试使用已计算的置信区间以及最小值和最大值在 R 中生成箱线图。对于时间 1、2、3、4、5（x 轴），我有 MN 表示 5 个元素的数组，每个元素描述时间点的平均值。我还有 CI1、CI2、MINIM 和 MAXM，每个都是 5 个元素的数组，每个时间步长一个，代表上部 CI、下部 CI , 最小值和最大值。我想在每个时间步生成 5 个箱线图条。

我已经尝试了通常的箱线图函数，但我可以让它与已经计算出的 CIs 和 min max.

一起工作

如果该方法适用于普通绘图函数，那就太好了，不过 ggplot 也可以。

Answer 1

由于您没有发布数据，我将使用内置 iris 数据集，保留前 4 列。

data(iris)
iris2 <- iris[-5]

函数 boxplot 计算它使用的统计数据，然后调用 bxp 进行打印，将这些计算值传递给它。
如果你想要一组不同的统计数据，你将不得不计算它们并将它们手动传递给 bxp。

我假设 CI 是指正常的 95% 置信区间。为此，您需要先计算标准误差和平均值。

s <- apply(iris2, 2, sd)
mn <- colMeans(iris2)
ci1 <- mn - qnorm(0.95)*s
ci2 <- mn + qnorm(0.95)*s
minm <- apply(iris2, 2, min)
maxm <- apply(iris2, 2, max)

现在 boxplot 创建 bxp 使用的数据结构，matrix。

bp <- boxplot(iris2, plot = FALSE)

并用之前计算的值填充矩阵。

bp$stats <- matrix(c(
  minm,
  ci1,
  mn,
  ci2,
  maxm
), nrow = 5, byrow = TRUE)

最后，绘制它。

bxp(bp)

具有已计算平均值、置信区间和最小最大值的 R 箱线图

R boxplot with already computed mean, confidence intervals and min max

plot

r

confidence-interval

boxplot