用于在 R 中创建用于网络分析的多个图形的循环或向量

Question

我用 igraph 从数据框创建了一个图表，显示学生如何在职业课程之间移动。前两列是 'From' 和 'To'，其中包含资格名称（顶点），每次学生第一次注册一门课程（From）然后注册另一门课程（To ).其余列包含与该特定学生的人口统计相关的值。

我想为运动 'To' 或 'From' 每个单独的课程（788 个独特的课程）创建和绘制单独的网络。我可以通过子图或过滤原始数据框来实现这一点，但我认为需要循环或 lapply 函数，这样我就不需要重复输入公式。我还想为每个网络创建一个图和 PDF。不幸的是，我的 R 技能不足以让我弄清楚 loop/lapply 部分。

我的数据框的前两列概述如下（出于隐私原因我删除了学生信息）：

    > dput(droplevels(head(df)))
structure(list(From = structure(c(5L, 1L, 6L, 4L, 2L, 3L), .Label = c("ADVANCED DIPLOMA OF ACCOUNTING", 
"ADVANCED DIPLOMA OF CONVEYANCING", "ADVANCED DIPLOMA OF LEADERSHIP AND MANAGEMENT", 
"ADVANCED DIPLOMA OF NETWORK SECURITY", "ADVANCED DIPLOMA OF POLICING", 
"ADVANCED DIPLOMA OF VISUAL ARTS"), class = "factor"), To = structure(c(5L, 
1L, 6L, 3L, 2L, 4L), .Label = c("DIPLOMA OF ACCOUNTING", "DIPLOMA OF EVENT MANAGEMENT", 
"DIPLOMA OF INFORMATION TECHNOLOGY NETWORKING", "DIPLOMA OF LEADERSHIP AND MANAGEMENT", 
"DIPLOMA OF POLICING", "DIPLOMA OF VISUAL ARTS"), class = "factor")), row.names = c(NA, 
6L), class = "data.frame")

然后我创建图表如下

g <- graph_from_data_frame(df, directed = TRUE, vertices = NULL)
E(g)$weight <- 1
    g <- delete.edges(g, which(E(g)$weight <= 10)) 
g <- delete.vertices(g,which(degree(g)==0))

然后我通过一些颜色和标签更改使情节变得漂亮，并制作如下 pdf。

pdf("Qual_Pathways.pdf", width = 11.7, height = 16.5)
plot(g)
dev.off

我怎样才能使 From 或 To 中的每个唯一值循环遍历，以生成一系列 788 网络，显示与该特定资格之间的联系？非常感谢任何帮助，我似乎找不到任何东西。

Answer 1

我想也许这就是您想要做的。首先，一定要 setwd 到一个目录，所有的图都将被转储到这个目录中。接下来，创建一个对象以包含所有自我图，即仅连接到特定节点的节点：

library(igraph)  # you must have loaded it earlier, but just in case
z <- make_ego_graph(g)

这会生成 igraph 个对象的列表：

> z
[[1]]
IGRAPH 3e60c3b DNW- 4 4 -- 
+ attr: name (v/c), salary_income (e/n), other_income (e/n), survey_weights (e/n), weight
| (e/n)
+ edges from 3e60c3b (vertex names):
[1] 1->1 2->1 4->1 6->1

[[2]]
IGRAPH 3e60c3b DNW- 2 2 -- 
+ attr: name (v/c), salary_income (e/n), other_income (e/n), survey_weights (e/n), weight
| (e/n)
+ edges from 3e60c3b (vertex names):
[1] 1->1 2->1

...

[[7]]
IGRAPH 3e60c3c DNW- 3 2 -- 
+ attr: name (v/c), salary_income (e/n), other_income (e/n), survey_weights (e/n), weight 
| (e/n)
+ edges from 3e60c3c (vertex names):
[1] 3->0 5->0

您可以将所有 7 个自我网络转储到这样的文件中：

jpeg(filename="EgoGraph%03d.jpeg")
for (i in 1:length(z)) { plot(z[[i]]) }
dev.off()

现在去查看您 setwd 所在的目录，将会有 EgoGraph001.jpeg 到 EgoGraph007.jpeg。如果你对整个数据集执行此操作并且它有 788 个节点，它将在该目录中提供 788 个图。

用于在 R 中创建用于网络分析的多个图形的循环或向量

Loop or vector for creating multiple graphs for network analysis in R

loops

r

igraph

lapply

network-analysis