使用 R 中的 plot3D 包重叠标签

Question

我目前正在使用 R 中的 plot3D 包创建 3D 散点图，我想为我的数据点添加数据标签。但是，我的一些数据点彼此具有相同的值，我想找到一个类似于 ggrepel 的解决方案，它将数据标签与点偏移，以便这些点的标签清晰可见。示例代码如下：

library(plot3D)
names <- c("A", "B", "C", "D", "E")
x <- c(1,1,2,3,4)
y <- c(1,1,3,4,5)
z <- c(1,1,4,5,6)

scatter3D(x, y, z)
text3D(x,y,z, names, add = TRUE, cex = 1)

A 和 B 的标签目前相互叠加。

我也尝试使用 directlabels 包，但它似乎无法识别 text3D 或 plot3D 对象。任何帮助将不胜感激。

Answer 1

plotrix::thigmophobe 函数计算方向以尝试阻止标签在 2D 绘图中重叠。 rgl 没有任何等价物，并且由于您可以旋转绘图，因此您始终能够在彼此之上旋转标签。但是，下面的函数会尝试为一个特定视图放置标签，以免它们重叠。

thigmophobe.text3d <- function(x, y = NULL, z = NULL, texts, ...) {
  xyz <- xyz.coords(x, y, z)

  # Get the coordinates as columns in a matrix in
  # homogeneous coordinates
  pts3d <- rbind(xyz$x, xyz$y, xyz$z, 1)

  # Apply the viewing transformations and convert 
  # back to Euclidean
  pts2d <- asEuclidean(t(par3d("projMatrix") %*% 
                         par3d("modelMatrix") %*% 
                         pts3d))

  # Find directions so that the projections don't overlap
  pos <- plotrix::thigmophobe(pts2d)

  # Set adjustments for the 4 possible directions
  adjs <- matrix(c(0.5, 1.2,   
                   1.2, 0.5,  
                   0.5, -0.2,  
                  -0.2, 0.5), 
                 4, 2, byrow = TRUE)

  # Plot labels one at a time in appropriate directions.
  for (i in seq_along(xyz$x)) 
    text3d(pts3d[1:3, i], texts = texts[i], 
           adj = adjs[pos[i],], ...)
}

上面的函数有一些问题：它是基于rgl::text3d而不是plot3D::text3D，所以可选参数不同；它一次绘制一个标签，如果你有很多标签，这可能效率低下，它不进行错误检查等。

编辑添加：

rgl 的未发布版本 0.99.20 添加了一个 thigmophobe3d 函数来执行此操作。您现在必须从 https://r-forge.r-project.org/R/?group_id=234 or the Github mirror https://github.com/rforge/rgl 获取它。

使用 R 中的 plot3D 包重叠标签

Overlapping labels with the plot3D package in R

r

rgl

plot3d