如何将分子从图形表示转换为 RDKit Mol
How to convert molecule from graph representation to RDKit Mol
我正在从事一个涉及分子的 Python 项目，目前我一直将分子表示为图形。
我用三个不同的 numpy 数组来描述每个图：一个二元邻接矩阵，一个存储分子中每个原子的原子序数的数组，以及一个存储原子间键类型的矩阵。我在图中只代表重原子，所以没有氢。
我正在寻找一种方法来检查分子的有效性，并且我一直在尝试使用 RDKit 的 SanitizeMol 函数来这样做。
有没有一种简单的方法可以将图形转换为 Mol 对象？
我也有将我的 numpy 格式转换为 Networkx 图的函数，但我找不到任何方法来执行以下步骤（nx 到 RDKit）。
我一直在尝试使用 EditablMol 手动构建 Mol，但随后图表中缺少氢会导致几个原子的化合价出现一些问题。
我有点卡住了，感谢任何帮助。
谢谢
查看下面的答案以及底部 nx_to_rdkit 函数的链接
SMILES from graph
我正在从事一个涉及分子的 Python 项目，目前我一直将分子表示为图形。 我用三个不同的 numpy 数组来描述每个图：一个二元邻接矩阵，一个存储分子中每个原子的原子序数的数组，以及一个存储原子间键类型的矩阵。我在图中只代表重原子，所以没有氢。
我正在寻找一种方法来检查分子的有效性，并且我一直在尝试使用 RDKit 的 SanitizeMol 函数来这样做。 有没有一种简单的方法可以将图形转换为 Mol 对象？
我也有将我的 numpy 格式转换为 Networkx 图的函数，但我找不到任何方法来执行以下步骤（nx 到 RDKit）。
我一直在尝试使用 EditablMol 手动构建 Mol，但随后图表中缺少氢会导致几个原子的化合价出现一些问题。 我有点卡住了，感谢任何帮助。
谢谢
查看下面的答案以及底部 nx_to_rdkit 函数的链接
SMILES from graph