R phylo对象：如何连接节点标签和节点号

Question

R 中的 phylo 对象可以具有内部节点标签 (phylo_obj$node.label)，但许多 R 函数使用节点编号而不是节点标签。甚至 phylo 对象本身也使用节点号来描述边缘 (phylo_obj$edge)，并且似乎没有将内部节点标签直接映射到用于 phylo_obj$edge 的这些节点号。如何将节点标签（例如 "NodeA" 或 "Artiodactyla"）映射到节点编号（例如 250 或 212）？我找不到任何 R 函数或一般的任何文档。

Answer 1

不完全确定这里的 objective 是什么，但是如果您想 select 边缘 table 中的特定节点编号以及节点标签向量中的等效项，您可以简单地使用 tree$node.label[node_number - Ntip(tree)].

更多详情：

## Simulating a random tree
set.seed(1)
my_tree <- rtree(10)
my_tree$node.label <- paste0("node", seq(1:9))
## Method 1: selecting a node of interest (e.g. MRCA)
mrca_node <- getMRCA(my_tree, tip = c("t1", "t2"))
#[1] 16

mrca_node 现在是边上节点的 ID table（在本例中是一个大于 10 的数字）。要 select 等效节点标签，您可以简单地 select 来自 mrca_node:

的提示数

## The node label for the mrca_node
my_tree$node.label[mrca_node-Ntip(my_tree)]
#[1] "node6"

或者，您可以 select 来自边缘的节点标签 table

## Method 2: directly extracting the nodes from the edge tables
# Function selecting the tip or node name corresponding to the edge row
select.tip.or.node <- function(element, tree) {
    ifelse(element < Ntip(tree)+1,
           tree$tip.label[element],
           tree$node.label[element-Ntip(tree)])
}

## Making the edge table
edge_table <- data.frame(
                "parent" = my_tree$edge[,1],
                "par.name" = sapply(my_tree$edge[,1],
                                    select.tip.or.node,
                                    tree = my_tree),
                "child" = my_tree$edge[,2],
                "chi.name" = sapply(my_tree$edge[,2],
                                    select.tip.or.node,
                                    tree = my_tree)
                )
#   parent par.name child chi.name
#1      11    node1    12    node2
#2      12    node2     1      t10
#3      12    node2    13    node3
#4      13    node3     2       t6
#5      13    node3     3       t9
#6      11    node1    14    node4
#7      14    node4    15    node5
#8      15    node5    16    node6
#9      16    node6     4       t1
#10     16    node6    17    node7
#11     17    node7     5       t2
#12     17    node7     6       t7
#13     15    node5     7       t3
#14     14    node4    18    node8
#15     18    node8    19    node9
#16     19    node9     8       t8
#17     19    node9     9       t4
#18     18    node8    10       t5

R phylo对象：如何连接节点标签和节点号

R phylo object: how to connect node label and node number

tree

r

nodes

ape

phylogeny