使用 qsub 提交可执行文件+输入文件以创建多个作业

Question

我有一个接受一个输入文件的可执行文件，并且已经 运行 像这样设置它，使用 qsub 作为作业提交给 pbs:

qsub -q long path/to/runpp path/to/input.fa

我有一个脚本 (runpp_multi.sh) 可以在目录中的多个文件上 运行:

for i in path/to/input/*.fa ; do path/to/runpp $i ; done

这些都工作正常，但如果我使用 qsub 在多个文件上提交 运行s 的脚本，显然会有问题：

qsub -q long runpp_multi.sh

这会将所有文件上的可执行文件 运行ning 作为一项作业提交。我希望每个文件都作为单独的作业提交，如下所示：

for i in path/to/input/*.fa ; do qsub -q long path/to/runpp $i ; done

我已经看到 -v 可能是我要找的东西，但我对语法非常困惑，尤其是我的情况。

我能否得到一些关于如何修改我的脚本的建议，以便目录 运行 中的每个文件与可执行文件作为一个单独的作业？我有太多文件无法手动完成。

提前致谢。

Answer 1

你可以制作一个 self-extracting archive with shar (see GNU sharutils) 并提交给 qsub。