从命令行专注于 PyMOL 中的特定区域？

Question

我刚刚tar使用 PyMOL 和 Unix 命令查看 .pdb 文件，我有一个任务要执行，但我不知道如何执行它.

您可以找到下面描述的任务：

"下载 this tar 文件并使用命令行解压缩。

此文件包含 271 个 .pdb 文件，我想从命令行使用 PyMOL 重点关注所有文件中编号为 40-55 的残基。

一旦这些残基集中在 PyMOL 中，我想保存图像并将快照导出到 html page/format。

我想在 Unix 中使用管道来完成所有这些工作。我掌握了一些基础知识，但我需要帮助来完成一些更复杂的任务。非常感谢任何帮助！

Answer 1

由于您想使用 "piping in Unix" 执行此操作，我将在此处描述有关如何继续的普通命令行版本。我会故意省略 "export the snapshots to an html page/format" 部分，因为这超出了 PyMOL 的范围，可以使用许多其他程序或工具来完成。

首先，您想遍历文件夹中的 pdb 文件：

for protein in *.pdb;
###launching PyMOL and passing commands here;
done

PyMOL 需要这些命令：

首先，让我们从 shell 启动 PyMOL 可执行文件。根据您使用的操作系统，这可能会有所不同。我将以 macOS 为例。有关如何从命令行启动 PyMOL 的更多帮助，您可以找到 here.

/Applications/PyMOL.app/Contents/MacOS/PyMOL -cq $protein -d "###here come the PyMOL commands"

c 意味着 PyMOL gui 不会启动（我们这里不需要它），并且 q 省略了 PyMOL 的欢迎留言。 $protein 是我们正在循环的每个 PDB 文件。 d 表示 PyMOL 命令将被传递。我们将使用以下命令为每个 PDB 文件获取肽段并创建 PNG 图像：

首先我们确保没有其他东西可见：

hide everything;

现在我们 select 您的残基 40 到 55 并将其命名为 selection "pieceofpeptide":

select pieceofpeptide, resi 40-55;

根据您希望表示的外观（例如卡通、甘草、线条等），您可以在下一个命令中选择样式：

show cartoon, pieceofpeptide;

现在我们确保图像居中（尝试改变数字，它表示与我们居中的对象的距离）：

zoom center, 20;

最后，让我们将其另存为图像（根据需要调整分辨率）：

png $protein.png, width=10cm, dpi=150, ray=1

写成一行，最后的命令最终看起来像这样：

for protein in *.pdb; do /Applications/PyMOL.app/Contents/MacOS/PyMOL -cq $protein -d "hide everything;select pieceofpeptide, resi 40-55;show cartoon, pieceofpeptide;zoom center, 20;png $protein.png, width=10cm, dpi=150, ray=1"; done

但是，如果您将 PyMOL 命令存储在 script.pml 之类的文件中，或者使用 Python 脚本，那么查看和编辑会容易得多，但这最好解释 here .

从命令行专注于 PyMOL 中的特定区域？

Focusing in on specific areas in PyMOL from command line?

pymol