R脚本将数据表格式化为精确的2位小数
R script to format datatable to exactly 2 decimal places
我做了一个数据table "Event_Table" 有 46 行和 6 列。在某些时候，我将其导出到文本文件，并希望某些字段的输出被截断到恰好 2 位小数。
Event_Table[1:34,3:6]=round(Event_Table[1:34,3:6])
Event_Table[36:39,3:6]=format(round(Event_Table[36:39,3:6],2), nsmall=2)
Event_Table[41:46,3:6]=format(round(Event_Table[41:46,3:6],2), nsmall=2)
第 1 行和第 2 行产生了预期的结果，但随后 运行 第 3 行抛出错误：
Error in Math.data.frame(list(CO = c("0", "0", "0.786407766990291", "0", :
non-numeric variable in data frame: CONCONATotal
为什么？如果删除第 2 行，则第 3 行运行正常。因此，在 table 的一部分中设置格式会影响整个 table 并阻止可能出现第二种格式命令形式（即使格式仅应用于 [=] 的离散部分51=]).有什么想法可以避免这种情况，或者以不同的方式达到要求吗？
编辑：
也许我应该补充一点，以下代码还不够：
Event_Table[36:46,3:6]=round(Event_Table[36:46,3:6], digits=2)
尾随零被截断。即值 1 显示为“1”，而不是“1.00”。后者是必需的。
编辑 2：
这里是 table:
ChrSize Chr CO NCO NA Total
1 230218 1 4.00 1.00 0 5.00
2 813184 2 6.00 6.00 0 12.00
3 316620 3 2.00 3.00 0 5.00
4 1531933 4 13.00 20.00 0 33.00
5 576874 5 3.00 8.00 0 11.00
6 270161 6 4.00 2.00 0 6.00
7 1090940 7 11.00 5.00 0 16.00
8 562643 8 5.00 9.00 0 14.00
9 439888 9 6.00 3.00 0 9.00
10 745751 10 10.00 6.00 0 16.00
11 666816 11 3.00 7.00 0 10.00
12 1078177 12 11.00 13.00 1 25.00
13 924431 13 7.00 12.00 0 19.00
14 784333 14 5.00 6.00 1 12.00
15 1091291 15 6.00 17.00 0 23.00
16 948066 16 7.00 6.00 0 13.00
17 12071326 TOTAL 103.00 124.00 2 229.00
18 NA Event Lengths: NA NA NA NA
19 NA Min Len 0.00 22.00 0 0.00
20 NA Max Len 14745.00 12524.00 0 14745.00
21 NA Mean Len 2588.00 1826.00 0 2153.00
22 NA Median Len 1820.00 1029.00 0 1322.00
23 NA Chromatids: NA NA NA NA
24 NA 1_chrom 0.00 98.00 2 100.00
25 NA 2_chrom 81.00 22.00 0 103.00
26 NA 3_chrom 14.00 4.00 0 18.00
27 NA 4_chrom 8.00 0.00 0 8.00
28 NA Classe: NA NA NA NA
29 NA 1_1brin 0.00 55.00 0 55.00
30 NA 1_2brins 0.00 43.00 2 45.00
31 NA 2_nonsis 81.00 15.00 0 96.00
32 NA 2_sis 0.00 7.00 0 7.00
33 NA classe_3 14.00 4.00 0 18.00
34 NA classe_4 8.00 0.00 0 8.00
35 NA Fraction of Chromatids: NA NA NA NA
36 NA 1_chrom 0.00 0.79 1 0.44
37 NA 2_chrom 0.79 0.18 0 0.45
38 NA 3_chrom 0.14 0.03 0 0.08
39 NA 4_chrom 0.08 0.00 0 0.03
40 NA Fraction of each Classe: NA NA NA NA
41 NA 1_1brin 0.00 0.44 0 0.24
42 NA 1_2brins 0.00 0.35 1 0.20
43 NA 2_nonsis 0.79 0.12 0 0.42
44 NA 2_sis 0.00 0.06 0 0.03
45 NA classe_3 0.14 0.03 0 0.08
46 NA classe_4 0.08 0.00 0 0.03
我要求第 1-34 行的格式不带小数。
并且第 36-46 行的格式为 所有 值的小数点后两位。
EDIT3：初始数据被顺序读入 tables 称为 "data"，然后生成衍生输出 table "Event_Table"，我在其中插入摘要每个 "data" table 的各个方面（即总数、平均值、中位数等）。然后我依次导出 "Event_Tables"，因为它们包含每个 "data" table.
所需的摘要信息
这里是代码的开头：
# FIRST SET WORKING DIRECTORY WHERE INPUT FILES ARE!
files = list.files(pattern="Events_") # import files names with "Event_" string into variable "files"
files1 = length(files) # Count number of files
files2 = read.table(text = files, sep = "_", as.is = TRUE) #Split file names by "_" separator and create table "files2"
for (j in 1:files1)
{data <- read.table(files[j], header=TRUE) #Import datatable from files number 1 to j
# Making derivative dataframes:
Event_Table <- data.frame(matrix(NA, nrow = 46, ncol = 6)) # Creates dataframe of arbitrary size full of NAs
names(Event_Table) <- c("ChrSize","Chr","CO","NCO","NA","Total") # Adds column names to dataframe
Event_Table ["Chr"] = c(1:16, "TOTAL","Event Lengths:","Min Len", "Max Len","Mean Len","Median Len","Chromatids:","1_chrom","2_chrom","3_chrom","4_chrom","Classe:","1_1brin","1_2brins","2_nonsis","2_sis","classe_3","classe_4","Fraction of Chromatids:","1_chrom","2_chrom","3_chrom","4_chrom","Fraction of each Classe:","1_1brin","1_2brins","2_nonsis","2_sis","classe_3","classe_4") # Inserts vector 1:16 (numbers 1 to 16) in column 1 of dataframe
Event_Table [1:16,"ChrSize"] = c(230218,813184,316620,1531933,576874,270161,1090940,562643,439888,745751,666816,1078177,924431,784333,1091291,948066)
Event_Table [17,"ChrSize"] =sum(Event_Table [1:16,"ChrSize"])
nE = nrow(data) # Total number of events
Event_Table [17,"Total"] = nrow(data)
Event_Table [19,"Total"] = min(data ["len"])
Event_Table [20,"Total"] = max(data ["len"])
Event_Table [21,"Total"] = mean(data ["len"])
Event_Table [22,"Total"] = median(data [1:nrow(data),"len"])
#More stuff here, etc, then close j loop }
因此 Event_Table 被设置为 data.frame 类型的矩阵，其中填充了 NA。
然后我在相关网格位置手动填充相关信息。
然后我只想格式化这些字段的视觉外观。
如果我做的全错了，那么请你提出一个更好的方法来做这件事！谢谢
这可能是与 Error in Math.data.frame.....non-numeric variable in data frame: 类似的问题。也许您的数据中有逗号。如果不是这样，你能展示一下你的 table 里有什么吗？
这是使用 2 个相当不同的数据框的概念证明：
DF1 <- data.frame(x = rnorm(10), person = rep(LETTERS[1:2], 5))
DF2 <- data.frame(y = 1:10L, result = rep(LETTERS[3:4], 5), alt = rep(letters[3:4], 5))
write.table(DF1, file = "example.csv", sep = ",")
write.table(DF2, file = "example.csv", sep = ",", append = TRUE)
这会发出警告（关于列名 - 没问题）并给出：
x person
1 0.796933543 A
2 1.495800567 B
3 0.359153458 A
4 2.105378598 B
5 0.175455314 A
6 -1.850171347 B
7 -0.87197177 A
8 2.682650638 B
9 1.040676847 A
10 -0.086197042 B
y result alt
1 1 C c
2 2 D d
3 3 C c
4 4 D d
5 5 C c
6 6 D d
7 7 C c
8 8 D d
9 9 C c
10 10 D d
在这里您可以根据需要控制格式。您可能希望隐藏列名称或提供更多信息，并且您可能也不希望行编号。请参阅 ?write.table 了解所有选项。
我做了一个数据table "Event_Table" 有 46 行和 6 列。在某些时候，我将其导出到文本文件，并希望某些字段的输出被截断到恰好 2 位小数。
Event_Table[1:34,3:6]=round(Event_Table[1:34,3:6])
Event_Table[36:39,3:6]=format(round(Event_Table[36:39,3:6],2), nsmall=2)
Event_Table[41:46,3:6]=format(round(Event_Table[41:46,3:6],2), nsmall=2)
第 1 行和第 2 行产生了预期的结果，但随后 运行 第 3 行抛出错误：
Error in Math.data.frame(list(CO = c("0", "0", "0.786407766990291", "0", :
non-numeric variable in data frame: CONCONATotal
为什么？如果删除第 2 行，则第 3 行运行正常。因此，在 table 的一部分中设置格式会影响整个 table 并阻止可能出现第二种格式命令形式（即使格式仅应用于 [=] 的离散部分51=]).有什么想法可以避免这种情况，或者以不同的方式达到要求吗？
编辑：
也许我应该补充一点，以下代码还不够：
Event_Table[36:46,3:6]=round(Event_Table[36:46,3:6], digits=2)
尾随零被截断。即值 1 显示为“1”，而不是“1.00”。后者是必需的。
编辑 2：
这里是 table:
ChrSize Chr CO NCO NA Total
1 230218 1 4.00 1.00 0 5.00
2 813184 2 6.00 6.00 0 12.00
3 316620 3 2.00 3.00 0 5.00
4 1531933 4 13.00 20.00 0 33.00
5 576874 5 3.00 8.00 0 11.00
6 270161 6 4.00 2.00 0 6.00
7 1090940 7 11.00 5.00 0 16.00
8 562643 8 5.00 9.00 0 14.00
9 439888 9 6.00 3.00 0 9.00
10 745751 10 10.00 6.00 0 16.00
11 666816 11 3.00 7.00 0 10.00
12 1078177 12 11.00 13.00 1 25.00
13 924431 13 7.00 12.00 0 19.00
14 784333 14 5.00 6.00 1 12.00
15 1091291 15 6.00 17.00 0 23.00
16 948066 16 7.00 6.00 0 13.00
17 12071326 TOTAL 103.00 124.00 2 229.00
18 NA Event Lengths: NA NA NA NA
19 NA Min Len 0.00 22.00 0 0.00
20 NA Max Len 14745.00 12524.00 0 14745.00
21 NA Mean Len 2588.00 1826.00 0 2153.00
22 NA Median Len 1820.00 1029.00 0 1322.00
23 NA Chromatids: NA NA NA NA
24 NA 1_chrom 0.00 98.00 2 100.00
25 NA 2_chrom 81.00 22.00 0 103.00
26 NA 3_chrom 14.00 4.00 0 18.00
27 NA 4_chrom 8.00 0.00 0 8.00
28 NA Classe: NA NA NA NA
29 NA 1_1brin 0.00 55.00 0 55.00
30 NA 1_2brins 0.00 43.00 2 45.00
31 NA 2_nonsis 81.00 15.00 0 96.00
32 NA 2_sis 0.00 7.00 0 7.00
33 NA classe_3 14.00 4.00 0 18.00
34 NA classe_4 8.00 0.00 0 8.00
35 NA Fraction of Chromatids: NA NA NA NA
36 NA 1_chrom 0.00 0.79 1 0.44
37 NA 2_chrom 0.79 0.18 0 0.45
38 NA 3_chrom 0.14 0.03 0 0.08
39 NA 4_chrom 0.08 0.00 0 0.03
40 NA Fraction of each Classe: NA NA NA NA
41 NA 1_1brin 0.00 0.44 0 0.24
42 NA 1_2brins 0.00 0.35 1 0.20
43 NA 2_nonsis 0.79 0.12 0 0.42
44 NA 2_sis 0.00 0.06 0 0.03
45 NA classe_3 0.14 0.03 0 0.08
46 NA classe_4 0.08 0.00 0 0.03
我要求第 1-34 行的格式不带小数。 并且第 36-46 行的格式为 所有 值的小数点后两位。
EDIT3：初始数据被顺序读入 tables 称为 "data"，然后生成衍生输出 table "Event_Table"，我在其中插入摘要每个 "data" table 的各个方面（即总数、平均值、中位数等）。然后我依次导出 "Event_Tables"，因为它们包含每个 "data" table.
所需的摘要信息这里是代码的开头：
# FIRST SET WORKING DIRECTORY WHERE INPUT FILES ARE!
files = list.files(pattern="Events_") # import files names with "Event_" string into variable "files"
files1 = length(files) # Count number of files
files2 = read.table(text = files, sep = "_", as.is = TRUE) #Split file names by "_" separator and create table "files2"
for (j in 1:files1)
{data <- read.table(files[j], header=TRUE) #Import datatable from files number 1 to j
# Making derivative dataframes:
Event_Table <- data.frame(matrix(NA, nrow = 46, ncol = 6)) # Creates dataframe of arbitrary size full of NAs
names(Event_Table) <- c("ChrSize","Chr","CO","NCO","NA","Total") # Adds column names to dataframe
Event_Table ["Chr"] = c(1:16, "TOTAL","Event Lengths:","Min Len", "Max Len","Mean Len","Median Len","Chromatids:","1_chrom","2_chrom","3_chrom","4_chrom","Classe:","1_1brin","1_2brins","2_nonsis","2_sis","classe_3","classe_4","Fraction of Chromatids:","1_chrom","2_chrom","3_chrom","4_chrom","Fraction of each Classe:","1_1brin","1_2brins","2_nonsis","2_sis","classe_3","classe_4") # Inserts vector 1:16 (numbers 1 to 16) in column 1 of dataframe
Event_Table [1:16,"ChrSize"] = c(230218,813184,316620,1531933,576874,270161,1090940,562643,439888,745751,666816,1078177,924431,784333,1091291,948066)
Event_Table [17,"ChrSize"] =sum(Event_Table [1:16,"ChrSize"])
nE = nrow(data) # Total number of events
Event_Table [17,"Total"] = nrow(data)
Event_Table [19,"Total"] = min(data ["len"])
Event_Table [20,"Total"] = max(data ["len"])
Event_Table [21,"Total"] = mean(data ["len"])
Event_Table [22,"Total"] = median(data [1:nrow(data),"len"])
#More stuff here, etc, then close j loop }
因此 Event_Table 被设置为 data.frame 类型的矩阵，其中填充了 NA。 然后我在相关网格位置手动填充相关信息。 然后我只想格式化这些字段的视觉外观。
如果我做的全错了，那么请你提出一个更好的方法来做这件事！谢谢
这可能是与 Error in Math.data.frame.....non-numeric variable in data frame: 类似的问题。也许您的数据中有逗号。如果不是这样，你能展示一下你的 table 里有什么吗？
这是使用 2 个相当不同的数据框的概念证明：
DF1 <- data.frame(x = rnorm(10), person = rep(LETTERS[1:2], 5))
DF2 <- data.frame(y = 1:10L, result = rep(LETTERS[3:4], 5), alt = rep(letters[3:4], 5))
write.table(DF1, file = "example.csv", sep = ",")
write.table(DF2, file = "example.csv", sep = ",", append = TRUE)
这会发出警告（关于列名 - 没问题）并给出：
x person
1 0.796933543 A
2 1.495800567 B
3 0.359153458 A
4 2.105378598 B
5 0.175455314 A
6 -1.850171347 B
7 -0.87197177 A
8 2.682650638 B
9 1.040676847 A
10 -0.086197042 B
y result alt
1 1 C c
2 2 D d
3 3 C c
4 4 D d
5 5 C c
6 6 D d
7 7 C c
8 8 D d
9 9 C c
10 10 D d
在这里您可以根据需要控制格式。您可能希望隐藏列名称或提供更多信息，并且您可能也不希望行编号。请参阅 ?write.table 了解所有选项。