将宽重塑为长，保留行名中的 ID 变量

Question

我正在尝试将以下数据转换为 R 中的长格式：

testdata <- data.frame(rnorm(10),rnorm(10),rnorm(10))
rownames(testdata) <- paste0("ID",1:10) # Ids
colnames(testdata) <- c(2001,2002,2003) # Years
testdata

所以列 = 时间，行 = ID。不应该太难，但在我发现的所有例子中都是相反的。如何在 datatable 或 reshape 或任何其他流行的数据框包中完成？感谢您的任何提示。我知道一种方法是转置我的数据，但这似乎是一种相当低效的方法。

Answer 1

@Akron的有用回答：

reshape2::melt(as.matrix(testdata))

"But Why?"部分：

您的行名中包含重要信息，不是通常存储重要信息的好地方。我们重塑时需要这些信息。那么问题就变成了，如果我们输入矩阵而不是数据帧，为什么 melt 使用该信息？

原因是 melt 是一个通用函数，它根据您输入的数据类型分派一个方法（也称为更具体的函数）。所以如果m是一个矩阵，你调用melt(m)，那么R实际上是在执行melt.matrix(m)。相反，如果 df 是一个数据帧并且你调用 melt(df)，那么 R 实际上正在执行 melt.data.frame(df)。这两个函数——melt.matrix() 和 melt.data.frame()——处理行名的方式不同；方法 melt.matrix 以您想要的方式使用这些行名，而方法 melt.data.frame 则不然。因此，为了获得所需的输出，您需要将矩阵（而不是数据框）输入 melt.

只是为了演示，如果我们将 ID 信息存储在 data.frame 的列中（如下面的 testdata2 中）而不是行名（如上面的 testdata 中），那么我们就可以将数据帧馈送到 melt:

testdata2 <- data.frame(
    ID       =  1:10,
    year2001 = rnorm(10),
    year2002 = rnorm(10),
    year2003 = rnorm(10) )

reshape2::melt(testdata2, "ID")
reshape2::melt(testdata2, id.vars="ID", measure.vars=2:4) #equivalently, but verbosely

Answer 2

你可以使用 tidyr 库

library(tidyr)
cbind(paste0("ID",1:10), gather(testdata, "years", "value"))

Answer 3

对我来说明显的黑客攻击似乎是将数据框的行名增加回常规列；那么你可以使用 reshape/reshape2/tidyr::gather

中的任何一个

> data.frame(ID=rownames(testdata), testdata, row.names=NULL)
     ID      X2001      X2002       X2003
1   ID1  0.6714540  1.1516917  0.51332801
2   ID2 -1.7309721 -1.8018835  1.54385452
3   ID3 -0.4831349 -1.3965915 -0.72819988
4   ID4  1.2591651  1.2436120  1.01472455
5   ID5  1.2346326 -1.4587475 -1.75097483
6   ID6  0.4279562  0.2595588  1.36560258
7   ID7  0.9990642 -1.0306002 -1.10165672
8   ID8  1.2118510 -0.3577358 -0.11696953
9   ID9  0.3074985  0.5177188 -0.09954961
10 ID10 -1.0418608 -1.8419336 -0.65401215

（请注意 "fixed" 您对 'X2001'、'X2002' 的非法同名...如果您真的想保留它们，请使用 ...check.names=FALSE)）

Answer 4

只是为了将变成一个完整的答案：

library(data.table)
melt(setDT(testdata, keep.rownames = TRUE), "rn")

      rn variable       value
 1:  ID1     2001 -0.25265860
 2:  ID2     2001  0.50538399
 3:  ID3     2001  0.68216394
 4:  ID4     2001  0.62203871
 5:  ID5     2001  0.59297019
 6:  ID6     2001  0.69383842
 7:  ID7     2001  1.77900432
 8:  ID8     2001 -1.69010623
 9:  ID9     2001 -2.17762905
10: ID10     2001  0.61463127
11:  ID1     2002  0.42120060
12:  ID2     2002 -0.16148732
...

将宽重塑为长，保留行名中的 ID 变量

Reshape wide to long, preserving ID variable from rownames

r

reshape

rowname

reshape2