rstan 如何存储单独链的后验样本？
How does rstan store posterior samples for separate chains?
我想了解 extract 在 rstan 中的输出如何排序后验样本。我知道我可以使用 as.array、
查看每个链的后验样本
stanfit <- sampling(
model,
data = stan.data)
fitarray <- as.array(stanfit)
例如，fitarray[, 2, 1] 将给我第一个参数的第二个链的样本。在 extract 的输出中存储后验样本的一种方法是将它们连接起来。当我这样做时，
fit <- extract(stanfit)
mean(fitarray[,2,1]) == mean(fit$ss[1001:2000])
对于几个链和参数，我总是得到 TRUE（ss 是第一个参数）。这使得后验样本看起来像是在 fit 中连接起来。但是，当我这样做时，
fitarray[,2,1] == fit$ss[1001:2000]
我得到 FALSE（确认不仅仅是精度差异）。 fitarray 和 fit 似乎以不同方式存储迭代。如何分别查看每个后验样本链的迭代（按顺序）？
从rstan:::as.array.stanfit可以看出，as.array方法本质上定义为
extract(x, permuted = FALSE, inc_warmup = FALSE)
您对 extract 的默认使用会保留预热并随机排列 post-预热抽签，这就是索引与 as.array 输出不一致的原因。
我想了解 extract 在 rstan 中的输出如何排序后验样本。我知道我可以使用 as.array、
stanfit <- sampling(
model,
data = stan.data)
fitarray <- as.array(stanfit)
例如，fitarray[, 2, 1] 将给我第一个参数的第二个链的样本。在 extract 的输出中存储后验样本的一种方法是将它们连接起来。当我这样做时，
fit <- extract(stanfit)
mean(fitarray[,2,1]) == mean(fit$ss[1001:2000])
对于几个链和参数，我总是得到 TRUE（ss 是第一个参数）。这使得后验样本看起来像是在 fit 中连接起来。但是，当我这样做时，
fitarray[,2,1] == fit$ss[1001:2000]
我得到 FALSE（确认不仅仅是精度差异）。 fitarray 和 fit 似乎以不同方式存储迭代。如何分别查看每个后验样本链的迭代（按顺序）？
从rstan:::as.array.stanfit可以看出，as.array方法本质上定义为
extract(x, permuted = FALSE, inc_warmup = FALSE)
您对 extract 的默认使用会保留预热并随机排列 post-预热抽签，这就是索引与 as.array 输出不一致的原因。