Rcpp 警告："directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'"
Rcpp warning: "directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'"
这个问题与其他一些问题有关，例如 RccpArmadillo or element-wise-multiplication。
但是，我的设置使我不知道我必须 edit/simlink 做什么才能使 Rccp 运行 没有给我警告。
我正在 Mac 10.9 (mavericks) 使用最新的 R 版本。
一开始，尝试从这里 RccpvsR 获得的以下代码时，出现错误：
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)`
然后，基于 RccpArmadillo 我做了以下操作：
# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R
这只是尝试，因为我没有 /usr/local/Cellar/gfortran/ 目录。事实上，我所有的 libgfortran* 文件都在这里（在 macports 目录）：
>ls /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.*
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.3.dylib /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.dylib
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.a /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.spec
这里 /opt/local/lib/gcc48/gcc/x86_64-apple-darwin13/4.8.3/libgfortranbegin.a 并且我在任何地方都没有 gfortran 文件。
然后我再次尝试代码 RccpvsR，令人惊讶的是，它成功了！。除了我收到警告之外：
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'
当然，它不存在，但是由该代码创建的函数，cosineRcpp，运行没有问题。
因此，所有这些，问问是否有人知道我是否必须将 /opt/local/lib/gcc48/ 处的 libgfortran 文件模拟链接为：
ln -s /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.* /usr/local/lib/
然后是 remove/edit 行：
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
在 ~/.R/Makevars
或者如果我必须安装新的东西。
提前感谢您的宝贵时间！
简答
只需将 libgfortran 的路径放入 FLIBS，例如
FLIBS=-L/opt/local/lib/gcc48/
或者，将其中的文件符号链接到 /usr/local/lib/，如果您愿意的话。但是，此解决方案非常脆弱，因为如果您更新 gfortran 或将其移动到其他目录，很容易忘记更新此路径。
稍微长一点的答案
您可以在 gfortran 中查询到 libgfortran.dylib 的路径，例如
gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib
您可以直接在 Makevars 文件中执行此操作；例如
FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`
过时的长答案
尝试直接从 gfortran 输出解析适当的 FLIBS。
首先，一些背景。 /usr/local/Cellar 目录是 homebrew 使用的默认路径，它是 OS X 的包管理器。可以将其视为 macports.
的替代方案
Homebrew 现在提供 gfortran 及其相关库作为 gcc 包的一部分，因此它安装 FORTRAN 库的路径现在已经改变。然而，这些可以（通常）使用 gfortran -print-search-dirs 来发现。例如，在我的系统上，
gfortran -print-search-dirs
会给我
install: /usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
programs: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/
libraries: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../:/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/lib/:/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/lib/
拆分，用R打印，我看到：
[[1]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[[2]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"
[6] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/"
[[3]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/"
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../"
[6] "/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/lib/"
[8] "/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[9] "/usr/lib/"
就我而言，libgfortran 实际上住在这里：
/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
这就是我们要传递给 FLIBS 的路径。但是，把它拉出来有点痛苦，所以让我们告诉 FLIBS 使用 gfortran 通常使用的任何路径：
gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||'
很好，但我们希望库路径采用适合编译器的格式；即，带有 -L 前缀。让我们用 sed:
gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'
此输出（为了便于阅读而拆分）
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
-L/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/lib/
-L/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/lib/
总而言之，这意味着以下内容应该适合您，至少在 OS X 上，但应该（通常）在具有 gfortran 的任何平台上工作（只要它在PATH):
FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`
这并不完美，例如如果你的路径中有空格，它将失败——如果你这样做，1) 你应得的和 2) 它也应该是一个 'relatively' 简单的修复。
对@kevin-ushey 的答案（至少我需要；我使用 Prezto）的一个小调整是在 grep '^libraries:' 中添加单引号，导致：
FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep '^libraries:' | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`
将该行添加到我的 ~/.R/Makevars 文件中就成功了！
这个问题与其他一些问题有关，例如 RccpArmadillo or element-wise-multiplication。
但是，我的设置使我不知道我必须 edit/simlink 做什么才能使 Rccp 运行 没有给我警告。
我正在 Mac 10.9 (mavericks) 使用最新的 R 版本。
一开始，尝试从这里 RccpvsR 获得的以下代码时，出现错误：
ld: library not found for -lgfortran
clang: error: linker command failed with exit code 1 (use -v to see invocation)`
然后，基于 RccpArmadillo 我做了以下操作：
# Update FLIBS in ~/.R/Makevars
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
#Re-Install from source
install.packages(c("Rcpp","RcppArmadillo","inline"),type="source")
#Restart R
这只是尝试，因为我没有 /usr/local/Cellar/gfortran/ 目录。事实上，我所有的 libgfortran* 文件都在这里（在 macports 目录）：
>ls /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.*
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.3.dylib /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.dylib
/opt/local/lib/gcc48/libgfortran.a /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.spec
这里 /opt/local/lib/gcc48/gcc/x86_64-apple-darwin13/4.8.3/libgfortranbegin.a 并且我在任何地方都没有 gfortran 文件。
然后我再次尝试代码 RccpvsR，令人惊讶的是，它成功了！。除了我收到警告之外：
ld: warning: directory not found for option '-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran'
当然，它不存在，但是由该代码创建的函数，cosineRcpp，运行没有问题。
因此，所有这些，问问是否有人知道我是否必须将 /opt/local/lib/gcc48/ 处的 libgfortran 文件模拟链接为：
ln -s /opt/local/lib/gcc48/libgfortran.* /usr/local/lib/
然后是 remove/edit 行：
FLIBS=-L/usr/local/Cellar/gfortran/4.8.2/gfortran
在 ~/.R/Makevars
或者如果我必须安装新的东西。
提前感谢您的宝贵时间！
简答
只需将 libgfortran 的路径放入 FLIBS，例如
FLIBS=-L/opt/local/lib/gcc48/
或者，将其中的文件符号链接到 /usr/local/lib/，如果您愿意的话。但是，此解决方案非常脆弱，因为如果您更新 gfortran 或将其移动到其他目录，很容易忘记更新此路径。
稍微长一点的答案
您可以在 gfortran 中查询到 libgfortran.dylib 的路径，例如
gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib
您可以直接在 Makevars 文件中执行此操作；例如
FLIBS = -L`gfortran -print-file-name=libgfortran.dylib | xargs dirname`
过时的长答案
尝试直接从 gfortran 输出解析适当的 FLIBS。
首先，一些背景。 /usr/local/Cellar 目录是 homebrew 使用的默认路径，它是 OS X 的包管理器。可以将其视为 macports.
Homebrew 现在提供 gfortran 及其相关库作为 gcc 包的一部分，因此它安装 FORTRAN 库的路径现在已经改变。然而，这些可以（通常）使用 gfortran -print-search-dirs 来发现。例如，在我的系统上，
gfortran -print-search-dirs
会给我
install: /usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
programs: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/
libraries: =/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../:/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/lib/:/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/:/usr/lib/
拆分，用R打印，我看到：
[[1]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[[2]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/libexec/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/"
[6] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/bin/"
[[3]]
[1] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[2] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[3] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/"
[4] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[5] "/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../"
[6] "/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[7] "/lib/"
[8] "/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/"
[9] "/usr/lib/"
就我而言，libgfortran 实际上住在这里：
/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
这就是我们要传递给 FLIBS 的路径。但是，把它拉出来有点痛苦，所以让我们告诉 FLIBS 使用 gfortran 通常使用的任何路径：
gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||'
很好，但我们希望库路径采用适合编译器的格式；即，带有 -L 前缀。让我们用 sed:
gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'
此输出（为了便于阅读而拆分）
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/lib/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/local/Cellar/gcc/4.9.2_1/lib/gcc/4.9/gcc/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/../../../
-L/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/lib/
-L/usr/lib/x86_64-apple-darwin14.0.0/4.9.2/
-L/usr/lib/
总而言之，这意味着以下内容应该适合您，至少在 OS X 上，但应该（通常）在具有 gfortran 的任何平台上工作（只要它在PATH):
FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep ^libraries: | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`
这并不完美，例如如果你的路径中有空格，它将失败——如果你这样做，1) 你应得的和 2) 它也应该是一个 'relatively' 简单的修复。
对@kevin-ushey 的答案（至少我需要；我使用 Prezto）的一个小调整是在 grep '^libraries:' 中添加单引号，导致：
FLIBS=`gfortran -print-search-dirs | grep '^libraries:' | sed 's|libraries: =||' | sed 's|:| -L|g' | sed 's|^|-L|'`
将该行添加到我的 ~/.R/Makevars 文件中就成功了！