GitLab CI 带有 r testthat 包

Question

任何人都可以运行测试使用 GitLab.com 持续集成工具测试最小 R 包吗？我的尝试：
https://gitlab.com/djchapman/CI_example
这是我正在使用的 .gitlab-CI.yml 文本，

image: rocker/rstudio
test:
   script:
    - R -e 'install.packages(c("devtools", "testthat"))'
    - R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
    - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
    - R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual
    - R -e 'devtools::test()'

改编自this网站。我意识到 devtools 具有可能需要在安装包时包含的依赖项，我试过了，但是 git2r 的库似乎没有正确安装，现在我想知道我是否做错了。谢谢。

Answer 1

您不需要通过 devtools 运行测试，因为 R CMD check 已经这样做了。以下应该有效：

image: rocker/rstudio
test:
   script:
    - R -e 'install.packages(c("testthat"))'
    - R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
    - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
    - R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual

或者，您可以使用允许二进制安装的映像：

image: rocker/r-base
test:
   script:
    - apt-get update
    - apt-get install --yes --no-install-recommends r-cran-testthat r-cran-devtools
    - R -e "devtools::install_deps()"
    - R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
    - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
    - R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual

如果您有尚未为 Debian 打包的依赖项，或者如果您不想在添加新依赖项时更新 CI 脚本，这将很有用。

Answer 2

对我来说，这没有按预期工作。我发现问题是我有小插曲。使用我的 .gitlab-ci.yml 的以下内容，我解决了这个问题：

image: rocker/r-base
gitlab:
   script:
    - apt-get update
    # install dependencies for package
    - apt-get install --yes --no-install-recommends r-cran-xml2 r-cran-testthat r-cran-devtools
    - R -e 'devtools::install_deps(dependencies = c("Depends", "Imports", "Suggests"))'
    # remove vignettes folder and get VignetteBuilder field out of DESCRIPTION file
    - rm -rf vignettes
    - R -e 'd <- read.dcf("DESCRIPTION"); d[, colnames(d) == "VignetteBuilder"] <- NA; write.dcf(d, "DESCRIPTION")'
    - R CMD build . --no-build-vignettes --no-manual
    - PKG_FILE_NAME=$(ls -1t *.tar.gz | head -n 1)
    - R CMD check "${PKG_FILE_NAME}" --no-build-vignettes --no-manual --as-cran
    # update code coverage
    - apt-get install --yes git
    - R -e "covr::codecov(token = 'mytoken')"

它会在开始构建之前删除 vignettes 文件夹并从 DESCRIPTION 文件中删除 VignetteBuilder 字段。很方便，虽然我现在无法测试它的内容。

一段时间后，我发现如果您将令牌作为输入（来自 https://codecov.io/gl/yourname/yourproject/settings）并预先安装 git，covr::codecov() 会非常有效。

希望这对其他人也有帮助。 GitLab 是 GitHub.
2018 年和 some things have changed.

的绝佳替代品

GitLab CI 带有 r testthat 包

GitLab CI with r testthat package

r

gitlab

testthat