手指上的细菌。 MASS::glmmPQL 中具有随机斜率但没有截距的交叉随机效应的语法

Question

我有非正常数据（戴手套和不戴手套接触表面后手指上的细菌）所以使用 MASS 包中的 glmmPQL。我有一个分类预测变量 (Gloves)、一个重复测量变量 (NumberContacts) 以及戴手套和不戴手套进行实验的参与者，因此交叉。我想将 Participant 变量用作具有随机斜率的随机效应（但不拦截，因为它们开始时有 0 个细菌）。我无法弄清楚具有随机斜率但不是随机截距的随机效应的语法。你能告诉我怎么做吗？

到目前为止我有：

require(MASS)
PQL <- glmmPQL(bacteria ~ Gloves+ NumberContacts, ~1|Participant,
               family =    gaussian(link = "log"),
               #weights = varIdent(form = ~1 | NumberContacts),
               #correlation = corAR1(NumberContacts),
               data = na.omit(Ksub), 
               verbose = F)

每次接触后手指上的细菌

每次接触后手指上的细菌密度图

Answer 1

参见 https://bbolker.github.io/mixedmodels-misc/glmmFAQ.html#model-specification，其中指出 (0+x|group) 或 (-1+x|group) 指定 "random slope of x within group: no variation in intercept."

以下示例中的型号规格是等效的：

library(MASS)
library(lme4)

fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (0 + Days | Subject), sleepstudy)
fm2 <- glmmPQL(Reaction ~ Days, random = ~ 0 + Days | Subject, 
  family = gaussian, data = sleepstudy)

手指上的细菌。 MASS::glmmPQL 中具有随机斜率但没有截距的交叉随机效应的语法

Bacteria on fingers. Syntax for crossed random effects with random slopes but not intercepts in MASS::glmmPQL

r

lme4

glm