运行 glmnet 通过 Rscript 和 nohup 时出错

Question

在使用 R 中的 glmnet 包创建预测模型时，我观察到此处和 here 中提到的相同错误。但是建议的重新安装 glmnet 软件包的解决方案并不能解决我的问题。

最小工作示例my_glmnet_script.R:

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

# load libraries
library(methods)
library(glmnet)
library(doParallel)

# create toy model
n = 100 
p = 250 
x = matrix(rnorm(n*p), n, p)
y = matrix(rnorm(n), n, 1)

# number of parallel cores to use
ncores = 4 
registerDoParallel(ncores)

# print this before glmnet throws error
print(sessionInfo())

# fit model
my.glmnet = cv.glmnet(x=x, y=y, grouped=FALSE, parallel=TRUE, nfolds=n)
cat("end script.\n")

我的命令：

nohup Rscript my_glmnet_script.R > nohup.out 2> nohup.err &

输出文件nohup.out:

R version 3.4.3 (2017-11-30)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
[9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] parallel  methods   stats     graphics  grDevices utils datasets 
[8] base     

other attached packages:
[1] doParallel_1.0.11 iterators_1.0.8   glmnet_2.0-16 foreach_1.4.3    
[5] Matrix_1.2-12    

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.4.3   codetools_0.2-15 grid_3.4.3       lattice_0.20-35

错误文件nohup.err:

nohup: ignoring input
Loading required package: Matrix
Loading required package: foreach
Loaded glmnet 2.0-16

Loading required package: iterators
Loading required package: parallel
Error in .Fortran("get_int_parms", fdev = double(1), eps = double(1), : "get_int_parms" not available for .Fortran() for package "glmnet"
Calls: cv.glmnet -> glmnet -> glmnet.control -> .Fortran
Execution halted

来自Rscript --version的输出：

R scripting front-end version 3.3.3 (2017-03-06)

令人困惑的部分是以下命令工作得很好：

Rscript my_glmnet_script.R

如果我从 R 中调用 source("my_glmnet_script.R")，它也能正常运行。

为什么 nohup 对 glmnet 和 Rscript 表现不好？是否有我可以加载的 R 包可以使这项工作正常进行？

Answer 1

原来 nohup 可能不是问题。

根据我的问题，nohup 的 R 版本是 R v3.4.3，而 Rscript --version returns R v3.3.3。这是因为我的 $PATH 在使用系统范围的 R (v3.4.3) 之前指向我个人的 R (v3.3.3)。

为什么会调用系统范围的 R？答案就在脚本 hash-bang 中：

#!/usr/bin/env Rscript --vanilla

也就是说，调用 /usr/bin/env Rscript --version 会产生

R scripting front-end version 3.4.3 (2017-11-30)

并且系统范围的 R 在我的个人 (v3.3.3) 库中查找 glmnet，.libPaths() 的第一个条目，它从未为 3.4.3 编译过：

/usr/bin/Rscript -e ".libPaths(.libPaths()[2:3]); library('glmnet')"

Error in library("glmnet") : there is no package called ‘glmnet’

故事的寓意：当您的服务器上安装了多个 R 版本时，请保持井井有条！

运行 glmnet 通过 Rscript 和 nohup 时出错

Error when running glmnet through Rscript and nohup

r

nohup

rscript

glmnet