R：动态调整输出pdf大小以绘制函数内的区域

Question

我有一个类似于下面 MWE 中的函数来生成 PCA 双标图，纵横比为 1:1 以不影响其解释；这意味着有时我会根据数据得到更窄或更宽的图。

我希望能够以某种方式检测绘图区域并制作适当宽度和高度的 pdf 以很好地适应绘图，否则我会在输出文件中以不需要的额外 space 结尾。

检查下面的 MWE：

pcaplot <- function(pobj, df, groupvar, filename){
    library(ggbiplot)
    P <- ggbiplot(pobj,
         obs.scale = 1, 
         var.scale=1,
         ellipse=T,
         circle=F,
         varname.size=3,
         var.axes=T,
         groups=df[,groupvar],
         alpha=0)
    P$layers <- c(geom_point(aes(color=df[,groupvar]), cex=5), P$layers)
    pdf(file=paste(filename,".pdf",sep=""), height=14, width=14) #USE PROPER WIDTH AND HEIGHT DEPENDING ON PLOT AREA
    print(
        P
    )
    dev.off()
}

data(iris)
pca.obj <- prcomp(iris[,1:4], center=TRUE, scale.=TRUE)
pcaplot(pca.obj, iris, "Species", "test")

谢谢！

Answer 1

我为您提供了更好的缩放解决方案。

作为基础，你应该使用你的数据对象 - 不是简单的 data.frame 这些在里面。例如，您的 pca.obj 还包含 x pca.obj$x 的列表 -> 有要绘制的点

pca.obj$x[,1] 将用于 PC1
pca.obj$x[,3] 将用于 PC3

现在您可以使用它们来计算点的范围

> pca.obj$x[,1] %>% range() %>% diff()
[1] 6.064723

> pca.obj$x[,3] %>% range() %>% diff()
[1] 1.856603

您可以将这些值用作缩放比例的基础。（在我的例子中，我还把 *3 放在 pdf 的大小上，以便以相同的比例对字体等有更好的分辨率）在我的示例中，我将从您的数据中为您提供 Iris PC1 vs PC3

library(magrittr) # for pipe
pcaplot <- function(pobj, df, pca_choices, groupvar, filename){

width_scale <-  pobj$x[,pca_choices[1]] %>% range() %>% diff() %>% ceiling() * 3
height_scale <- pobj$x[,pca_choices[2]] %>% range() %>% diff() %>% ceiling() * 3

library(ggbiplot)
P <- ggbiplot(pobj,
              choices = pca_choices,
              obs.scale = 1, 
              var.scale=1,
              ellipse=T,
              circle=F,
              varname.size=3,
              var.axes=T,
              groups=df[,groupvar],
              alpha=0)
    P$layers <- c(geom_point(aes(color=df[,groupvar]), cex=5), P$layers)
    pdf(file=paste(filename,".pdf",sep=""), height=height_scale, width=width_scale) #USE PROPER WIDTH AND HEIGHT DEPENDING ON PLOT AREA
    print(P)
    dev.off()
}

data(iris)
pca.obj <- prcomp(iris[,1:4], center=TRUE, scale.=TRUE)
pca_choices <- c(1, 3)
pcaplot(pca.obj, iris, pca_choices, "Species", "test")

黑色边框只是为了显示真实的 space 周围。
基本版本：

新：

R：动态调整输出pdf大小以绘制函数内的区域

R: dynamically adjust output pdf size to plot area inside a function

pdf

size

r

function

pca