SimpleITK:应用逆变换

SimpleITK: apply inverse transformation

最近开始使用SimpleITK做图像配准。对于我当前的项目,我需要配准 X 射线图像和 CT 图像,然后在 X 射线图像上追踪的 ROI 蒙版上应用逆矩阵。

我用这条线得到了逆矩阵:

inverse_transform = final_transform.GetInverse()

如何将转换应用到 ROI 蒙版?

欢迎使用 SimpleITK!

假设你的X光是配准中的固定图像(CT是移动的)那么配准的结果就是一个从X光到CT的变换映射点。您需要做的就是使用逆变换将 ROI 蒙版图像重新采样到 CT 上。

transformed_labels = sitk.Resample(xray_roi_mask, ct_image, inverse_transform, sitk.sitkNearestNeighbor, 0.0, #out of bounds pixel color xray_roi_mask.GetPixelID())

this Jupyter notebook 的最后一个单元格执行此操作。

另外两条评论:

  1. 不确定 X 射线到 CT 配准是什么意思。这是目前 SimpleITK 不支持的 2D/3D 注册,因此我假设您正在进行 2D/2D 或 3D/3D 注册。
  2. 由于您是 SimpleITK 的新手,我建议您查看我们的 main Jupyter notebook repository or the more concise IEEE ISBI'18 tutorial 以熟悉该工具包。