将 ImageJ 宏命令实施到现有插件中

Question

我正在尝试更改 ImageJ 的现有插件 OpenComet。我不喜欢 Java，所以也许这很容易。

我要实现的是以下内容

run("Bio-Formats Windowless Importer", "open=path autoscale color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
在 Bioformat Importer 插件的帮助下打开我的文件
run("Flip Horizontally");

这应该放在下面的代码中：

// Iterate over each input file
            for(int i=0;i<inFiles.length;i++){
                // Try to open file as image
//NUMBER 1 BIOFORMAT IMPORT AT THIS POINT               
                ImagePlus imp = IJ.openImage(inFiles[i].getPath());
                                // If image could be opened, run comet analysis
                if(imp!=null){
//NUMBER 2 FLIPPING AT THIS POINT
                    String imageKey =  inFiles[i].getName();

此外，我需要导入 BioFormat Importer 的 class 或类似的东西。我不会吗？

非常感谢。

Answer 1

run("Bio-Formats Windowless Importer", "open=path autoscale color_mode=Default view=Hyperstack stack_order=XYCZT");

opening my files with the help of the Bioformat Importer plugin

您可以使用生物格式的 BF 帮助程序 class 来实现此目的（参见其 API documentation). For a javascript example, have a look here。在 Java 中，它可能看起来像：

import loci.plugins.BF;
  [...]
ImagePlus[] imps = BF.openImagePlus(inFiles[i].getPath());
ImagePlus imp = imps[0];

run("Flip Horizontally");

在Java模式下使用recorder（插件>宏>记录...）获取所需命令：

import ij.IJ;
 [...]
IJ.run(imp, "Flip Horizontally", "");

如果您想了解较低级别的 Java 命令，请使用 Command Finder（按 [L] 或 Plugins > Utilities > Find Commands...) 并键入 "flip"，你会发现 class 实现了命令：

ij.plugin.filter.Transformer("fliph")

希望对您有所帮助。

将 ImageJ 宏命令实施到现有插件中

Implementing ImageJ macro commands into an existing Plugin

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