如何在 Seurat (ggplot2) 的 DoHeatmap 图中重新排序单元格

Question

我正在用 R 中的 Seurat 绘制热图

require(Seurat)
data <- data.frame(cell1=c(-0.5, 0.5), cell2=c(-0.8, 0.3), cell3=c(2.0, 0.1), cell4=c(1.0, 1.0))
rownames(data) <- c("gene1", "gene2")
test <- CreateSeuratObject(data)
test@scale.data <- data
DoHeatmap(test)

这就是我得到的

我想在这里用自定义顺序重新排序单元格。我尝试了 DoHeatmap(test, data.use=<reordered data>) 和 p <- DoHeatmap(…, plot=FALSE)，然后重新排序 p$data，但无济于事

Answer 1

我们可以将p$data$cell强制转换为一个因子，并根据需要指定级别。

set.seed(1)
(custom_order <- paste0("cell", sample(4)))
#[1] "cell2" "cell4" "cell3" "cell1"

创建绘图并重新排序

p <- DoHeatmap(test)
p$data$cell <- factor(p$data$cell, levels = custom_order)
p

如何在 Seurat (ggplot2) 的 DoHeatmap 图中重新排序单元格

How to reorder cells in DoHeatmap plot in Seurat (ggplot2)

r

ggplot2

seurat