将点和线添加到 R 中的 3D 散点图

Question

我想在 3d 散点图中可视化关于主要成分的浓度椭圆体（主要成分作为这些椭圆体的轴）。我使用带有选项 ellipsoid = TRUE

的函数 scatter3d

data3d <- iris[which(iris$Species == "versicolor"), ]

library(car)
library(rgl)
scatter3d(x = data3d[,1], y = data3d[,2], z = data3d[,3],
      surface=FALSE, grid = TRUE, ellipsoid = TRUE,
      axis.col = c("black", "black", "black"), axis.scales = FALSE,
      xlab = "X1", ylab = "X2", zlab = "X3",  surface.col = "blue",
      revolution=0, ellipsoid.alpha = 0.0, level=0.7, point.col = "yellow", add=TRUE)

绘制此图：

然后我尝试使用

添加"mean point"

points3d(mean(data3d[,1]), mean(data3d[,2]), mean(data3d[,3]), col="red", size=20)

但是这个点不在它应该在的地方（在椭圆体的中心）：

我想知道为什么以及如何重新缩放它 (?)。还有一个问题，这之后会出现如何将这个椭圆体的轴添加到绘图中？

Answer 1

查看car:::scatter3d.default表明坐标在内部按每个维度的最小值和最大值缩放；以下代码在绘图前缩放：

sc <- function(x,orig) {
    d <- diff(range(orig))
    m <- min(orig)
    (x-m)/d
}
msc <- function(x) {
    sc(mean(x),x)
}

points3d(msc(data3d[,1]),
         msc(data3d[,2]),
         msc(data3d[,3]), col="red", size=20)

将点和线添加到 R 中的 3D 散点图

Adding point and lines to 3D scatter plot in R

r

pca