边界细化后的分割评估不起作用
Segmentation evaluation after border thinning not working
我目前正在使用来自 ISBI-2012 分割挑战赛的数据进行图像分割项目。我正在尝试 运行 BeanShell 脚本 link: https://imagej.net/Segmentation_evaluation_after_border_thinning_-_Script
在我自己预测的分割图像上。但是，我似乎无法用我的图像重现结果。
predicted image
ground truth image
结果我得到 this。我了解生成的单元格标签必须采用特定格式，如 ISBI-2012 网站所述：
The results are expected to be submitted as a 32-bit TIFF 3D image, which values between 0 (100% membrane certainty) and 1 (100% non-membrane certainty).
但是，我无法理解如何以这种格式保存图像。有什么办法可以解决这个问题吗？
您确实需要将图像转换为 32 位，并使值位于 [0.0 1.0] 范围内。
您可以在脚本中通过在第 59 行之后简单地添加两行来做到这一点：
IJ.run( proposedLabels, "32-bit", "" );
IJ.run( proposedLabels, "Enhance Contrast...", "saturated=0.3 normalize process_all");
尽管地面实况图像应该是二进制的。
我目前正在使用来自 ISBI-2012 分割挑战赛的数据进行图像分割项目。我正在尝试 运行 BeanShell 脚本 link: https://imagej.net/Segmentation_evaluation_after_border_thinning_-_Script
在我自己预测的分割图像上。但是，我似乎无法用我的图像重现结果。
predicted image
ground truth image
结果我得到 this。我了解生成的单元格标签必须采用特定格式，如 ISBI-2012 网站所述：
The results are expected to be submitted as a 32-bit TIFF 3D image, which values between 0 (100% membrane certainty) and 1 (100% non-membrane certainty).
但是，我无法理解如何以这种格式保存图像。有什么办法可以解决这个问题吗？
您确实需要将图像转换为 32 位，并使值位于 [0.0 1.0] 范围内。
您可以在脚本中通过在第 59 行之后简单地添加两行来做到这一点：
IJ.run( proposedLabels, "32-bit", "" );
IJ.run( proposedLabels, "Enhance Contrast...", "saturated=0.3 normalize process_all");
尽管地面实况图像应该是二进制的。