生成函数调用以使用 R 修改 xml

Question

我想使用 R 和 xml2 动态修改 XML 文档：我的方法是将参数准备好放入数据框中，然后将这些参数传递给一个函数将修改 xml 文档。

library(xml2)

doc <- xml2::read_xml('<CATALOG>
<PLANT myid="1">
  <COMMON>Bloodroot</COMMON>
  <BOTANICAL>Sanguinaria canadensis</BOTANICAL>
  <ZONE>4</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Shady</LIGHT>
  <PRICE>.44</PRICE>
  <AVAILABILITY>031599</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  <PLANT myid="2">
  <COMMON>Columbine</COMMON>
  <BOTANICAL>Aquilegia canadensis</BOTANICAL>
  <ZONE>3</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Shady</LIGHT>
  <PRICE>.37</PRICE>
  <AVAILABILITY>030699</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  <PLANT myid="3">
  <COMMON>Marsh Marigold</COMMON>
  <BOTANICAL>Caltha palustris</BOTANICAL>
  <ZONE>4</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Sunny</LIGHT>
  <PRICE>.81</PRICE>
  <AVAILABILITY>051799</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  <PLANT myid="4">
  <COMMON>Cowslip</COMMON>
  <BOTANICAL>Caltha palustris</BOTANICAL>
  <ZONE>4</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Shady</LIGHT>
  <PRICE>.90</PRICE>
  <AVAILABILITY>030699</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  <PLANT myid="5">
  <COMMON>Dutchman\'s-Breeches</COMMON>
  <BOTANICAL>Dicentra cucullaria</BOTANICAL>
  <ZONE>3</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Shady</LIGHT>
  <PRICE>.44</PRICE>
  <AVAILABILITY>012099</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  <PLANT myid="6">
  <COMMON>Ginger, Wild</COMMON>
  <BOTANICAL>Asarum canadense</BOTANICAL>
  <ZONE>3</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Shady</LIGHT>
  <PRICE>.03</PRICE>
  <AVAILABILITY>041899</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  <PLANT myid="7">
  <COMMON>Hepatica</COMMON>
  <BOTANICAL>Hepatica americana</BOTANICAL>
  <ZONE>4</ZONE>
  <LIGHT>Mostly Shady</LIGHT>
  <PRICE>.45</PRICE>
  <AVAILABILITY>012699</AVAILABILITY>
  </PLANT>
  </CATALOG>'

)


xpath <-  "//PLANT[@myid='2']"
xml_find_all(doc,xpath)

newxml <- function(xmldoc, xpath, newattr) {

  #
  VarName <- xml2::xml_find_all(xmldoc, xpath)
  xml_attr(VarName, "Name") <- newattr

}

现在如果我想根据 id 修改这个由数千种植物组成的 XML 文档（我可以将 xpath 和新值存储在数据框或向量中），我应该如何进行？

我尝试了以下方法：

do.call(newxml,list(xmldoc = doc, xpath= dftest$xpath, 
                       newattr = dftest$newname))

但是它不起作用，它告诉我:

 Error in xpath_search(x$node, x$doc, xpath = xpath, nsMap = ns, num_results = Inf) : 
  Expecting a single string value: [type=character; extent=5].

显然我对 R 怀念了一些很大的东西，但我不知道是什么，也请随时提出一个更好的方法来解决这个问题。

Answer 1

问题似乎是将您的数据框列作为函数参数传递进来。

如果我传入单数参数，该函数似乎会提供结果：

xpath <-  "//PLANT[@myid='2']"
xml_find_all(doc,xpath)
newxml <- function(xmldoc, xpath, newattr) {

  #
  VarName <- xml2::xml_find_all(xmldoc, xpath)
  xml_attr(VarName, "Name") <- newattr

}
do.call(newxml,list(xmldoc = doc, xpath= xpath, 
                    newattr = "TESTING"))

产生如下：

 xml_find_all(doc,xpath)
{xml_nodeset (1)}
[1] <PLANT myid="2" Name="TESTING">\n  <COMMON>Columbine</COMMON>\n

我认为数据框中的 dtype 也可能是因子而不是字符串

我使用了以下：

newxml <- function(xpath, newattr,xmldoc=doc) {
  VarName <- xml2::xml_find_all(xmldoc, as.character(xpath))
  xml_attr(VarName, "Name") <- as.character(newattr)
}

df <- data.frame(a= c(xpath,xpath),b = c("TEST1","TEST2"))
mapply(newxml,df$a, df$b)

use multiple columns as variables with sapply

生成函数调用以使用 R 修改 xml

generate function calls to modify xml with R

r

xml2