使用标记有点的 Kmean 创建 3D pca

Question

我想在 mtcars dataset. 上制作下面给出的情节。

为此，我尝试了 here 给出的代码，如下所示：

require(rgl)
require(SciViews)
require(plotrix)
library(corrplot)
require(ggplot2)
require(reshape)
require("gridExtra")
cars.pca <- pcomp(~mpg+cyl+disp+hp+drat+wt+qsec, data = mtcars)#,  subset = -(8:14))
mtcars_pca = cbind(cbind(mtcars, cars.pca$scores), car = rownames(mtcars))
plot(cars.pca, which = "correlations") 
plot(cars.pca, which = "scores", cex = 0.8)

代码在此处运行良好，并生成两个图，如下所示：

使用下面给出的代码制作了情节，但情节存在问题：

k <- kmeans(mtcars, 5, nstart=25, iter.max=1000)
new = cbind(mtcars_pca,cluster = k$cluster)
with(new,plot3d(PC1,PC2,PC3, col=k$cluster, size=2, type='s'))
car= = rownames(mtcars)
with(new,text3d(PC1,PC2,PC3,car))

比例不对，如图所示，它是重叠的，pc1 的比例已移到上方，同样 pc2 和 pc3 重叠，如何消除这些问题，以便 pc1、pc2 和 pc3 的比例得到印在正确的地方？

Answer 1

您可能想尝试使用参数 aspect、adjust、cex 或使用 jitter 来查找最小化文本重叠的值：

with(new,plot3d(PC1,PC2,PC3, col=k$cluster, size=2, type='s', aspect=c(3,1,3)))
car= rownames(mtcars)
with(new,text3d(jitter(PC1),jitter(PC2),jitter(PC3),car,cex=0.7, adjust=c(0.5,0.9)))

使用标记有点的 Kmean 创建 3D pca

Create a 3D pca using Kmean with points labelled

r

pca