SPARQL：如何将 owl:equivalentClass 转移到 rdfs:subClassOf (owl:Restriction) 属性？

Question

我的问题是关于使用 SPARQL 查询一些 owl ontology，其中 owl:Restrictions 被大量使用（在我的例子中是“Cell Ontology”）。

这是一些典型条目的示例（以 Turtle 格式，从上面提到的 ontology 中提取）：

###  http://purl.obolibrary.org/obo/CL_0000792
obo:CL_0000792 rdf:type owl:Class ;
           owl:equivalentClass [ owl:intersectionOf ( obo:CL_0000624
                                                      [ rdf:type owl:Restriction ;
                                                        owl:onProperty obo:RO_0002104 ;
                                                        owl:someValuesFrom obo:PR_000001380
                                                      ]
                                                      [ rdf:type owl:Restriction ;
                                                        owl:onProperty obo:RO_0002215 ;
                                                        owl:someValuesFrom obo:GO_0050777
                                                      ]
                                                      [ rdf:type owl:Restriction ;
                                                        owl:onProperty <http://purl.obolibrary.org/obo/cl#has_low_plasma_membrane_amount> ;
                                                        owl:someValuesFrom obo:PR_000001869
                                                      ]
                                                    ) ;
                                 rdf:type owl:Class
                               ] ;
           rdfs:subClassOf obo:CL_0000624 ,
                           obo:CL_0000815 ,
                           [ rdf:type owl:Restriction ;
                             owl:onProperty obo:RO_0002104 ;
                             owl:someValuesFrom obo:PR_000001380
                           ] ,
                           [ rdf:type owl:Restriction ;
                             owl:onProperty obo:RO_0002215 ;
                             owl:someValuesFrom obo:GO_0050777
                           ] ,
                           [ rdf:type owl:Restriction ;
                             owl:onProperty <http://purl.obolibrary.org/obo/cl#has_low_plasma_membrane_amount> ;
                             owl:someValuesFrom obo:PR_000001869
                           ] .

这里我的最终目标是将 owl 等效属性转移到 subClassOf 属性：

CL_0000792 rdfs:subClassOf [
     rdf:type owl:Restriction ;
              owl:onProperty obo:RO_0002104 ;
              owl:someValueFrom obo:PR_000001380
 ] ;
 rdfs:subClassOf [
     rdf:type owl:Restriction ;
              owl:onProperty obo:cl#has_low_plasma_membrane_amount ;
              owl:someValueFrom obo:PR_000001869
 ] .

我没有实现的是从 rdfs:subclass 部分获取所有三个属性，然后将它们正确绑定到 subClassOf 种类的属性（然后过滤掉 obo:RO_0002215 会放轻松）。

编辑：当我在这里取得一些进展时，一个新的 SPARQL 查询

EDIT2：根据 Damyan Ognyanov 的回答更新了 SPARQL 查询部分，该部分忽略了 owl:intersectionOf 部分中的集合，并且还 compact/elegant

这是我当前的 SPARQL 查询：

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX tpo: <http://www.definiens.com/ontologies/TissuePhenomicsOntology>
PREFIX cl: <http://purl.obolibrary.org/obo/cl.owl>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX efo: <http://www.ebi.ac.uk/efo/efo.owl>

CONSTRUCT {
    ?cell rdfs:subClassOf [ rdf:type owl:Restriction ;
                            owl:onProperty ?cellProp ;
                            owl:someValuesFrom ?cellPropValue
                            ] .
    ?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj .
    ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
    ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .
}

FROM named cl:
FROM named tpo:
WHERE {
    # query cl to get our information
    graph cl:
    {   
       ?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x .
       ?x owl:onProperty ?cellProp ;
          owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

        ?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj . 
        ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
        ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .
    }

    # limit ?cell to the entries already present in TPO
    graph tpo:
    {
        ?cell rdfs:subClassOf* obo:CL_0000000 .
    }
}

如果您用 SELECT * 替换 CONSTRUCT 部分，那么看起来所有变量都已正确分配，信息就在那里。

我仍然缺少的是重建 "somewhat convoluted" owl:Property 限制的适当 CONSTRUCT 部分。因此，此查询主要是 returns 一长串空白节点，例如，Protege 无法正确解析这些节点。

@AKSW 还正确地指出，SPARQL 可能不是查询和构建 OWL 图的首选工具。在这里确实清楚地表明，至少以这种方式，人们需要知道精确的数据结构才能构建有效的查询。

?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x 。 ?x owl:onProperty ?cellProp ; owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj。 ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue。 ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .

Answer 1

owl:intersectionOf 的值是一个 RDF 列表，上面的 Turtle 片段使用 RDF 列表语法来枚举 owl:intersectionOf 集合的成员（例如，条目包含在 ( 和 )).

因此，您还应该在属性路径中包含 rdf:rest*/rdf:first 属性，因为这些属性用于构建集合。

对于查询，我将引入一个附加变量，用于绑定感兴趣的限制并使用它来获取 owl:onProperty 和 owl:someValuesFrom 的值，例如，您的 WHERE 子句可能类似于：

?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x .
?x owl:onProperty ?cellProp ;
   owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj . 
?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .

SPARQL：如何将 owl:equivalentClass 转移到 rdfs:subClassOf (owl:Restriction) 属性？

SPARQL: how to transfer owl:equivalentClass to rdfs:subClassOf (owl:Restriction) properties?

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