使用 rpy2 从矩阵创建命名列表

Question

我有一个 2D numpy 数组，我将其转换为 R matrix，现在我需要将其进一步转换为 named list:

rpy2.robjects.numpy2ri.activate()
nr,nc = counts.shape
r_mtx = robjects.r.matrix(counts, nrow=nr, ncol=nc)

所以，我得到了矩阵 r_mtx，但我不确定如何从中创建一个命名列表，类似于我们在 R:

中所做的

 named_list <- list(counts=mtx)

我需要将其输入 SingleCellExperiment 对象以进行数据集标准化：

我尝试同时使用 rpy2.rlike.container TaggedList 和 OrdDict，但不知道如何将它们应用到我的案例中。

Answer 1

最终我解决了它（避免将 numpy 数组转换为 r 矩阵），直接从 numpy 数组制作命名列表：

named_list = robjects.r.list(counts=counts)

其中 counts 是一个 2D numpy 数组

Create named list from matrix using rpy2