修复 NetworkX spring 图中节点子集的位置

Question

在 Python 中使用 Networkx，我试图想象不同的电影评论家对某些制作公司的偏见。为了在图表中显示这一点，我的想法是将每个制作公司节点的位置固定到一个圆圈中的单个位置，然后使用 spring_layout 算法定位剩余的电影评论节点，例如人们可以很容易地看出一些评论家是如何更倾向于某些制作公司的。

我的问题是我似乎无法确定生产公司节点的初始位置。当然，我可以固定他们的位置，但这只是随机的，我不想那样——我希望他们围成一个圈。我可以计算所有节点的位置，然后设置生产公司节点的位置，但这超出了使用 spring_layout 算法的目的，我最终得到了一些古怪的东西，比如：

关于如何正确执行此操作的任何想法？

目前我的代码是这样做的：

def get_coordinates_in_circle(n):
    return_list = []
    for i in range(n):
        theta = float(i)/n*2*3.141592654
        x = np.cos(theta)
        y = np.sin(theta)
        return_list.append((x,y))
    return return_list

G_pc = nx.Graph()
G_pc.add_edges_from(edges_2212)

fixed_nodes = []
for n in G_pc.nodes():
    if n in production_companies:
        fixed_nodes.append(n)

pos = nx.spring_layout(G_pc,fixed=fixed_nodes)

circular_positions = get_coordinates_in_circle(len(dps_2211))
i = 0
for p in pos.keys():
    if p in production_companies:
        pos[p] = circular_positions[i]
        i += 1

colors = get_node_colors(G_pc, "gender")

nx.draw_networkx_nodes(G_pc, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'), node_color=colors, node_size=50, alpha=0.5)
nx.draw_networkx_edges(G_pc,pos, alpha=0.01)
plt.show()

Answer 1

要创建图形并设置几个位置：

import networkx as nx
G=nx.Graph()
G.add_edges_from([(1,2),(2,3),(3,1),(1,4)]) #define G
fixed_positions = {1:(0,0),2:(-1,2)}#dict with two of the positions set
fixed_nodes = fixed_positions.keys()
pos = nx.spring_layout(G,pos=fixed_positions, fixed = fixed_nodes)
nx.draw_networkx(G,pos)

您的问题似乎是您在设置固定节点的位置之前计算了所有节点的位置。

固定节点设置pos[p]后将pos = nx.spring_layout(G_pc,fixed=fixed_nodes)移至pos = nx.spring_layout(G_pc,pos=pos,fixed=fixed_nodes)

dictpos存放的是每个节点的坐标。您应该快速浏览一下 the documentation。特别是

pos : dict or None optional (default=None). Initial positions for nodes as a dictionary with node as keys and values as a list or tuple. If None, then nuse random initial positions.

fixed : list or None optional (default=None). Nodes to keep fixed at initial position. list or None optional (default=None)

你告诉它让这些节点固定在它们的初始位置，但你还没有告诉它们初始位置应该是什么。所以我相信它需要随机猜测那个初始位置，并将其固定。但是，当我对此进行测试时，看起来我运行出错了。看来，如果我告诉（我的版本）networkx 将 [1,2] 中的节点保持为固定状态，但我没有告诉它它们的位置是什么，我会收到一个错误（在这个答案的底部）。所以我很惊讶你的代码是运行ning.

对于使用列表理解对代码进行的一些其他改进：

def get_coordinates_in_circle(n):
    thetas = [2*np.pi*(float(i)/n) for i in range(n)]
    returnlist = [(np.cos(theta),np.sin(theta)) for theta in thetas]
    return return_list

G_pc = nx.Graph()
G_pc.add_edges_from(edges_2212)
circular_positions = get_coordinates_in_circle(len(dps_2211))
#it's not clear to me why you don't define circular_positions after
#fixed_nodes with len(fixed_nodes) so that they are guaranteed to 
#be evenly spaced.

fixed_nodes = [n for n in G_pc.nodes() if n in production_companies]

pos = {}
for i,p in enumerate(fixed_nodes):
    pos[p] = circular_positions[i]

colors = get_node_colors(G_pc, "gender")
pos = nx.spring_layout(G_pc,pos=pos, fixed=fixed_nodes)
nx.draw_networkx_nodes(G_pc, pos, cmap=plt.get_cmap('jet'), node_color=colors, node_size=50, alpha=0.5)
nx.draw_networkx_edges(G_pc,pos, alpha=0.01)
plt.show()

这是我看到的错误：

import networkx as nx
G=nx.Graph()
G.add_edge(1,2)
pos = nx.spring_layout(G, fixed=[1,2])

---------------------------------------------------------------------------
UnboundLocalError                         Traceback (most recent call last)
<ipython-input-4-e9586af20cc2> in <module>()
----> 1 pos = nx.spring_layout(G, fixed=[1,2])

.../networkx/drawing/layout.pyc in fruchterman_reingold_layout(G, dim, k, pos, fixed, iterations, weight, scale)
    253            # We must adjust k by domain size for layouts that are not near 1x1
    254            nnodes,_ = A.shape
--> 255            k=dom_size/np.sqrt(nnodes)
    256         pos=_fruchterman_reingold(A,dim,k,pos_arr,fixed,iterations)
    257     if fixed is None:

UnboundLocalError: local variable 'dom_size' referenced before assignment

修复 NetworkX spring 图中节点子集的位置

Fix position of subset of nodes in NetworkX spring graph

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networkx