使 awk 和 for 语句更智能

Question

我有以下命令（如下），我想在两个方面使其更智能：

缩短 for 语句，例如：

for i in seq `1 22` X;

这样行吗？

并使 awk 语句更智能一些。类似于：

awk '{print ,,'$i',-,-}'

这将从 4 中减去第 10 列的值，从 12 中减去 21。我希望它打印 4 到 10，等等。我该怎么做？

非常感谢！

桑德

原命令如下

grep 'alternate_ids' 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_chrX.out > 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_allchr.txt
for i in 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 X; 
do
    echo "Grepping data for chromosome: "$i
    tail -n +13 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_chr$i.out | wc -l
    tail -n +13 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_chr$i.out |
        awk '{print ,,'$i',,,,,,,,,,,,,,,,,}' \
            >> 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_allchr.txt
done

Answer 1

for i in {1..22} X; do

如果不打印的字段数小于要打印的字段数，您可以尝试清空要忽略的字段，然后打印整行。

Answer 2

任何时候你在 shell 中写一个循环只是为了操作文本，你就采用了错误的方法。 shell 只是一个调用工具的环境，用于通用文本处理的 UNIX 工具是 awk。您的脚本应如下所示：

awk '
BEGIN {
    for (i=1; i<=22; i++) {
        ARGV[ARGC++] = "1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_chr" i ".out"
    }
    ARGV[ARGC++] = "1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_chrX.out"
}
NR == FNR {
    if (/alternate_ids/) {
        print
    }
    next
}
FNR == 1{
    chr = FILENAME
    gsub(/^.*chr|\.out$/,"",chr)
    print "Grepping data for chromosome:", chr | "cat>&2"
}
{
    for (i=1; i<=21; i++) {
        printf "%s%s", (i==3?chr:$i), (i<21?OFS:ORS)
    }
}
' 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_chrX.out > 1000g/aegscombo_pp_1000G_sum_stat_allchr.txt

使 awk 和 for 语句更智能

making awk and for statement smarter

bash

awk

for-loop