R ggplot2 ggrepel - 在了解所有点的同时标记点的子集

Question

我用 R 'ggplot2' 构建了一个相当密集的散点图，我想使用 'ggrepel' 标记点的子集。我的问题是我想绘制散点图中的所有点，但只用 ggrepel 标记一个子集，当我这样做时，ggrepel 在计算放置标签的位置时不考虑图上的其他点，这导致与图上其他点重叠的标签（我不想标记）。

这是一个说明问题的示例图。

# generate data:
library(data.table)
library(stringi)
set.seed(20180918)
dt = data.table(
  name = stri_rand_strings(3000,length=6),
  one = rnorm(n = 3000,mean = 0,sd = 1),
  two = rnorm(n = 3000,mean = 0,sd = 1))
dt[, diff := one -two]
dt[, diff_cat := ifelse(one > 0 & two>0 & abs(diff)>1, "type_1",
                        ifelse(one<0 & two < 0 & abs(diff)>1, "type_2",
                               ifelse(two>0 & one<0 & abs(diff)>1, "type_3",
                                      ifelse(two<0 & one>0 & abs(diff)>1, "type_4", "other"))))]

# make plot
ggplot(dt, aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()

如果我只绘制我想要标记的点的子集，那么 ggrepel 能够以相对于其他点和标签的非重叠方式放置所有标签。

ggplot(dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
  aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()+
  geom_text_repel(data = dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
                  aes(x=one,y=two,label=name))

但是，当我想同时绘制此数据子集和原始数据时，我得到了带有标签的重叠点：

# now add labels to a subset of points on the plot
ggplot(dt, aes(x=one,y=two,color=diff_cat))+
  geom_point()+
  geom_text_repel(data = dt[abs(diff)>2 & (!diff_cat %in% c("type_3","type_4","other"))], 
                  aes(x=one,y=two,label=name))

如何让点子集的标签不与原始数据中的点重叠？

Answer 1

您可以尝试以下方法：

为原始数据中的所有其他点分配一个空白标签 ("")，以便 geom_text_repel 在相互排斥标签时将它们考虑在内；
将 box.padding 参数从默认值 0.25 增加到某个更大的值，以增加标签之间的距离；
增加x轴和y轴的限制，让标签在四边更多space排斥。

示例代码（box.padding = 1）：

ggplot(dt, 
       aes(x = one, y = two, color = diff_cat)) +
  geom_point() +
  geom_text_repel(data = . %>% 
                    mutate(label = ifelse(diff_cat %in% c("type_1", "type_2") & abs(diff) > 2,
                                          name, "")),
                  aes(label = label), 
                  box.padding = 1,
                  show.legend = FALSE) + #this removes the 'a' from the legend
  coord_cartesian(xlim = c(-5, 5), ylim = c(-5, 5)) +
  theme_bw()

这是另一个尝试， box.padding = 2:

（注意：我使用的是 ggrepel 0.8.0。我不确定是否所有功能都适用于早期的软件包版本。）

R ggplot2 ggrepel - 在了解所有点的同时标记点的子集

R ggplot2 ggrepel - label a subset of points while being aware of all points

r

ggplot2

plot

ggrepel