名称空间被覆盖的模块中的 monkeypatch 函数

Question

我正在尝试对我使用的外部模块中的函数进行 monkeypatch，但 monkeypatch 似乎无法访问该函数，因为模块的名称空间在导入时被覆盖。

具体来说，我在我的代码中使用了一个 Bio.PDB.PDBList.PDBList 对象（biopython 模块），我试图在 Bio.PDB.PDBList 中修补 _urlretrieve 以防止调用internet 而不是从本地目录获取文件，而不必模拟 PDBList 的实例方法，这将大大增加工作量。但是当我尝试天真时：

m.setattr("Bio.PDB.PDBList._urlretrieve", mock_retrieve)

pytest 抱怨：

AttributeError: 'type' object at Bio.PDB.PDBList has no attribute '_urlretrieve'

进一步检查 Bio.PDB，我发现模块命名空间 .PDBList 似乎被 class .PDBList.PDBList:

覆盖

# Download from the PDB
from .PDBList import PDBList

这样就可以解释为什么 pytest 将 Bio.PDB.PDBList 视为没有属性 _urlretrieve 的 type 对象。我的问题是，有没有办法让 monkeypatch 修补这个 'hidden' 函数？

PDBList用法的具体例子 class:

from Bio.PDB.PDBList import PDBList

_pdblist = PDBList()

downloaded_file = _pdblist.retrieve_pdb_file('2O8B', pdir='./temp', file_format='pdb')

Answer 1

你是对的 - 由于 PDBList class 与模块 Bio.PDB.PDBList 同名，在 import Bio.PDB.PDBList 之后你将无法访问该模块顾名思义（阴影问题）。但是，您仍然可以从加载的模块缓存和 monkeypatch 中获取导入的模块对象：

import sys
from unittest.mock import Mock
import Bio.PDB.PDBList

def test_spam(monkeypatch):
    assert isinstance(Bio.PDB.PDBList, type)
    with monkeypatch.context() as m:
        m.setattr(sys.modules['Bio.PDB.PDBList'], '_urlretrieve', Mock())
        ...

名称空间被覆盖的模块中的 monkeypatch 函数

monkeypatch function in module whose namespace was overwritten

python

mocking

pytest

biopython

monkeypatching