使用 visNetwork（或替代方案）明确放置节点

Question

如何在 visNetwork 图表上明确放置 nodes？

或者：如何使用 visNetwork 或替代方法在 R 中重新创建该图形？

背景：最终目标是表示Causal Loop Diagrams coming from Vensim个文件。明确放置节点只是第一步（关键），因为在因果循环图中，节点的视觉映射是信息的一部分（与一般图论不同）。因此，如果有人对大局有建议。 'Bringing Causal Loop Diagram Modeling to R'，我会很高兴的

我尝试了什么：

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels, stringsAsFactors = FALSE) %>% visEdges(arrows = "to")

它绘制了类似的东西（确切的布局会改变，因为随机种子）：

通过 here 的问答，我尝试通过设置 x 和 y 值手动放置节点。

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"), x = c(0,1,2), y = c(0,1,2))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels, stringsAsFactors = FALSE) %>% visEdges(arrows = "to")

哪个地块：

..我真的不明白x、y和屏幕上的位置有什么对应..

此外，我在 docs 中找不到 visLayout 的任何内容。

Answer 1

不知何故，x 和 y 参数不起作用。这里有一个解决方案：

library("visNetwork")

nodes <- data.frame(id = 1:3, label = c("one", "two", "three"))
edges <- data.frame(from = c(1,1,2), to = c(2,3,1))

coords <- as.matrix(data.frame(x = c(0,1,2),
                               y = c(0,1,2),
                               stringsAsFactors = FALSE))

visNetwork(nodes, edges, width = "100%", title = nodes$labels) %>%
    visNodes() %>%
    visOptions(highlightNearest = TRUE) %>%
    visInteraction(navigationButtons = TRUE,
                   dragNodes = TRUE, dragView = TRUE,
                   zoomView = FALSE) %>%
    visEdges(arrows = 'to') %>%
    visIgraphLayout(layout = "layout.norm", layoutMatrix = coords)

有关历史，另请参阅。也许这些链接可能对您想要实现的目标有所帮助：causaleffect and plot.CLD

Answer 2

使用 ggraph 而不是 visNetwork 可以简化事情。

library(ggraph)
library(igraph)

g <- make_graph(edges = c(1,2,2,1,1,3))
V(g)$name <- c('one', 'two', 'three')

ggraph(g, layout = 'manual', node.positions = data.frame(x = c(1,1,2), y = c(2,1,2.1))) + 
  geom_edge_arc(aes(start_cap = label_rect(node1.name),
                    end_cap = label_rect(node2.name)),
                 angle_calc = 'along',
                 label_dodge = unit(2.5, 'mm'),
                 arrow = arrow(length = unit(4, 'mm'))) + 
  geom_node_text(aes(label = name, x = x, y = y))

此地块

这是（除了网格线和颜色）我正在寻找的东西。

使用 visNetwork（或替代方案）明确放置节点

Place nodes explicitly with visNetwork (or an Alternative)

r

igraph

graph-theory

visnetwork