在私有 github 文件夹中获取 R 文件

Question

我希望在私人 github 文件夹中获取一些 R 脚本，并通过 R 在某些环境中使用它。

当使用 public github 文件夹时，这两个命令都可以完成工作：get_URL 和 source_url（来自 devtools）。

但是，当文件夹是私有的并且需要身份验证时，事情会变得复杂。

有没有一种方法可以完成此操作并将登录详细信息放入这些功能中，以便在需要进行某些 github 身份验证时自动传递用户名和密码？

提前致谢，

塔玛斯

Answer 1

TL;DR: 有可能，看下面的代码。

对于任何人的未来使用，这里有一个从私有 Github 存储库获取 R 脚本的方法，使用 httr 和可选的 devtools.

我四处搜索以找到解决方案的各个部分，然后将它们拼接在一起。因此，归功于其他多个线程和网站。

一些来源是 here, here and here。

见下面的代码：

library(httr)

# Source R script from Github
script <-
  GET(
    url = "https://api.github.com/repos/{user_name}/{repo_name}/contents/{script_name}.R",
    authenticate({github_email}, {github_personal_access_token}),     # Instead of PAT, could use password
    accept("application/vnd.github.v3.raw")
  ) %>%
  content(as = "text")

# Evaluate and parse to global environment
eval(parse(text = script))

这可能只适用于您拥有的私人仓库。我不确定它是否适用于与您共享的私人存储库。

See this link 创建一个 Github 个人访问令牌 (PAT)。如果需要，您还可以将其保存为 R 中的环境变量。 devtools::github_pat() 在这里很有用。

您的电子邮件和 PAT（或密码）都需要用引号引起来。

Answer 2

感谢 Ethan 和其他消息来源，我可以解决这个问题。

在 GitHub 上生成您的个人令牌
1.1 转到 GitHub
2.1 在右上角转到"Settings"
2.2 然后在左侧转到"Developer setting"
2.3 Select选项"Personal access tokens"
2.4 Select选项"Generate new token"
2.5 复制你的个人令牌
在您的主目录中 执行后续步骤
2.1 创建文件.Renviron

macbook@user:~$ touch .Reviron

在这个文件上写下你的个人令牌：

macbook@user:~$ nano .Reviron
GITHUB_PAT=YOUR PERSONAL TOKEN

现在在 R 上，您可以检查您的个人令牌是否已保存：

Sys.getenv("GITHUB_PAT")

你也可以用这个在 R 上编辑你的令牌：

usethis::edit_r_environ()

不要忘记重新启动 R 以保存您的更改。

3. 最后在 R 上，这些行代码将从私人存储库加载您的数据

library(httr)

req <- content(GET(
  "https://api.github.com/repos/you_group/your_repository/contents/your_path_to your_doc/df_test.Rdata",
  add_headers(Authorization = "token YOUR_TOKEN")
), as = "parsed")

tmp <- tempfile()
r1 <- GET(req$download_url, write_disk(tmp))
load(tmp)

在私有 github 文件夹中获取 R 文件

Sourcing R files in a private github folder

r

authentication

github

devtools