使用自动绘图绘制 PCA 双标图：修改箭头粗细

Question

我正在使用 ggfortify 中的 autoplot 函数，如下面使用 iris.pca 的代码所示。这个例子只有三个变量（因此有 3 个加载），但我的数据集有更多的变量，所以我希望我可以减小箭头的大小以使图表更易读。我认为默认大小是 1 pt，我想将它降低到 0.5 之类的值。虽然有修改加载颜色和标签大小的参数，但我找不到调整箭头粗细的方法。有人知道怎么做吗？

library(ggplot2)
library(ggfortify)

df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
iris.pca<-(prcomp(df))

autoplot(iris.pca, data=iris, colour="Species", loadings=TRUE, loadings.colour = "black")+
  scale_colour_manual(values=c("forestgreen","red","blue"))+
  scale_fill_manual(values=c("forestgreen","red","blue"))+
  scale_shape_manual(values=c(25,22,23))+
  theme_bw()

Answer 1

问题是ggfortify已经创建了一个ggplot2对象。因此，如果您不想手动重新创建绘图（这将是更清晰的解决方案），您必须按以下方式修改现有绘图：

旧代码

library(ggplot2)
library(ggfortify)

df <- iris[c(1, 2, 3, 4)]
iris.pca<-(prcomp(df))

d <- autoplot(iris.pca, data=iris, colour="Species", loadings=TRUE, loadings.colour = "black", scale = 1)+
  scale_colour_manual(values=c("forestgreen","red","blue")) +
  scale_fill_manual(values=c("forestgreen","red","blue")) +
  scale_shape_manual(values=c(25,22,23))+
  theme_bw()

修改

d$layers[[2]]$aes_params$size <- 0.5
d$layers[[2]]$geom_params$arrow$length <- unit(6, units = "points")
d

这实际上是手动创建箭头线的尺寸美学，并缩小箭头的尖端：

使用自动绘图绘制 PCA 双标图：修改箭头粗细

Plotting PCA biplot with autoplot: modify arrow thickness

r

pca

ggfortify

biplot

旧代码

修改