如何为 conda 构建设置每个 perl 脚本的 perl 路径

Question

我已经为此苦苦思索了一段时间，我需要一些帮助。我有一个我开发的漂亮的小 perl 包。效果很好。它有一个简单的安装过程：

perl makefile.PL
make
make install

我一直在尝试编写我的第一个 conda 配方，以便我最终可以使用它在 galaxy 上创建一个通过 bioconda 自动安装的包。

问题是上述过程对于 conda build.sh 脚本来说还不够，我不知道如何使已安装的 perl 脚本的 shebang 行具有正确的 perl 路径。我第一次尝试这个：

perl Makefile.PL INSTALL_BASE=${PREFIX} INSTALLDIRS=site
make
make install

基于我在其他食谱中看到的东西，但这会导致错误：

/Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/test_tmp/run_test.sh: /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/_test_env_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_placehold_pla/bin/vcfSampleCompare.pl: /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/_build: bad interpreter: No such file or directory
Tests failed for vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0.tar.bz2 - moving package to /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/broken

我在构建输出中注意到这样的注释：

Renaming build prefix directory,  /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/_build_env  to  /Users/rleach/local/miniconda3/conda-bld/vcfsamplecompare_1538773699290/build_prefix_moved_vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0_osx-64

所以凭直觉，我在 make install:

之后添加了这个

sed -i.bak 's|_build_env|build_prefix_moved_vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0_osx-64|g' ${PREFIX}/bin/vcfSampleCompare.pl

成功了！（无论如何，它让我克服了第一个错误 - 现在它抱怨它应该安装的模块不在 @INC 中。 - 虽然一次只有一件事......）

问题是，我不知道在哪里可以找到字符串 "build_prefix_moved_vcfsamplecompare-v2.005-pl526_0_osx-64"。显然在不同的系统上会有所不同。如果我假设 "build_prefix_moved_" 是静态的，我知道哪些环境变量会给我 "vcfsamplecompare"、"v2.005" 和“64”（甚至可能是 "osx"）——但我找不到任何具有价值 "pl526_0" 的东西，所以我似乎没有能力自己完全构建字符串...

那么这里的传统智慧是什么？我应该如何在包中的脚本顶部设置 perl 解释器路径？

Answer 1

正如我所怀疑的那样，您不必向 Makefile.PL 提供 INSTALL_BASE=${PREFIX} 甚至 PREFIX=${PREFIX} 即可使其正常工作。在 PATH 上找到的脚本具有错误的 perl 解释器路径这一事实表明，当运行脚本与构建脚本时使用的脚本不同时，可能存在一些可用的 perl 编译版本.这与 @INC.

中不同路径的问题一致

事实证明，meta.yaml 文件在 2 个地方有 perl：在 requirements:build: 和 requirements:host: 下，因此在构建期间使用了 2 个不同版本的 perl 与运行在主机上。通过删除 meta.yaml 文件中 requirements:build: 下的那个，只有 1 个版本的 perl，冲突就解决了。 build.sh 文件中只需要：

perl Makefile.PL INSTALLDIRS=site
make
make install

只需确保 meta.yaml 具有：

requirements:
  build:
    - make
  host:
    - perl
  run:
    - perl

将 perl 放在构建部分下可能很诱人，因为您在 build.sh 脚本中使用了对 perl 的调用，但构建完成后它就在主机上了。

如何为 conda 构建设置每个 perl 脚本的 perl 路径

How to set each perl script's perl path for a conda build

perl

conda