str.maketrans 在交互式 python 中可用，但在 python 脚本中不可用？

Question

我正在编写的代码应该在 DNA 的正向和反向互补链上找到基因序列的所有开放阅读框 (orfs)。为了制作 DNA 的反向链，我打算使用 str.maketrans() 将互补碱基映射到彼此。

#!/usr/bin/env python3.3

import re
import sys
from argparse import ArgumentParser

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

dna_seq = 'ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGA'

    def find_orfs(dna_seq):
        """
        finds all possible open reading frames (orfs)

        :param dna_seq: str, dna sequence
        :return: list, possible open reading frames
        """

        r_comp = dna_seq[::-1].translate(str.maketrans("ATGC","TACG"))
        return list(pattern.findall(dna) + pattern.findall(r_comp))

当我运行它在解释器中工作时！它returns正确答案：

['ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCG']

当我运行将其作为脚本（版本 3.3）时，我得到 AttributeError！

AttributeError: type object 'str' has no attribute 'maketrans'

但是当我在解释器（3.3 版）中 dir(str) 时，我看到了 maketrans！什么给！？

阅读 bytes.maketrans() 的更改后，我尝试了此操作但无济于事。我该怎么做才能在 python3.3 中获得与 maketrans() 相同的功能？

Answer 1

看来您的 shebang 行 returns 是 python 解释器的 2.7.x 版本。如果您不担心可移植性（允许其他用户使用您的文件），您可以使用 #!/usr/local/bin/python3.3 指定直接路径（更改路径以适合解释器的位置）以使其工作。对于 #!/usr/bin/env python 与 #!/usr/local/bin/python 之间差异的 post，您可以 look here。基本上，前者将使用首先出现在环境 $PATH 上的解释器，在您的情况下是 python2.7.

编辑

OP 是运行使用 shell 和以下命令的脚本：python myscript.py。这使用默认解释器（2.7，在他们的情况下），它不识别 maketrans 方法。运行带有 python3.3 myscript.py 的脚本解决了问题。

str.maketrans 在交互式 python 中可用，但在 python 脚本中不可用？

str.maketrans available in interactive python, but not python script?

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