str.maketrans 在交互式 python 中可用，但在 python 脚本中不可用？

Question

我正在编写的代码应该在 DNA 的正向和反向互补链上找到基因序列的所有开放阅读框 (orfs)。为了制作 DNA 的反向链，我打算使用 str.maketrans() 将互补碱基映射到彼此。

#!/usr/bin/env python3.3

import re
import sys
from argparse import ArgumentParser

pattern = re.compile(r'(?=(ATG(?:...)*?)(?=TAG|TGA|TAA))')

dna_seq = 'ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCGTGA'

    def find_orfs(dna_seq):
        """
        finds all possible open reading frames (orfs)

        :param dna_seq: str, dna sequence
        :return: list, possible open reading frames
        """

        r_comp = dna_seq[::-1].translate(str.maketrans("ATGC","TACG"))
        return list(pattern.findall(dna) + pattern.findall(r_comp))

当我运行它在解释器中工作时！它returns正确答案：

['ATGACGGCTTGTTTCTTTTCTGTGGCTGCG']

当我运行将其作为脚本（版本 3.3）时，我得到 AttributeError！

AttributeError: type object 'str' has no attribute 'maketrans'

但是当我在解释器（3.3 版）中 dir(str) 时，我看到了 maketrans！什么给！？

阅读 bytes.maketrans() 的更改后，我尝试了此操作但无济于事。我该怎么做才能在 python3.3 中获得与 maketrans() 相同的功能？

Answer 1

看来您的 shebang 行 returns 是 python 解释器的 2.7.x 版本。如果您不担心可移植性（允许其他用户使用您的文件），您可以使用 #!/usr/local/bin/python3.3 指定直接路径（更改路径以适合解释器的位置）以使其工作。对于 #!/usr/bin/env python 与 #!/usr/local/bin/python 之间差异的 post，您可以 look here。基本上，前者将使用首先出现在环境 $PATH 上的解释器，在您的情况下是 python2.7.

编辑

OP 是运行使用 shell 和以下命令的脚本：python myscript.py。这使用默认解释器（2.7，在他们的情况下），它不识别 maketrans 方法。运行带有 python3.3 myscript.py 的脚本解决了问题。

str.maketrans 在交互式 python 中可用，但在 python 脚本中不可用？

str.maketrans available in interactive python, but not python script?

python

python-3.x

bioinformatics

python-3.3

biopython