如何让内循环考虑外循环的每次迭代？

Question

三字母组，由'A', 'U', 'G' or 'C'组成，定义为密码子。每个密码子对应于 20 个字母中的一个。这些字母（氨基酸）的集合被定义为蛋白质。文件 "codons.txt" 包含密码子和相应的字母。

接下来的问题是：内部 for 循环只工作一次——它只比较 txt 文件中的行和第一个密码子。然后，据我了解，该方法跳过了内部循环。

代码：

path = r'C:\Users\...\codons.txt'
f = open(path, 'r')

def prot(DNA):
    protein = ''
    a = True
    for i in range (0, len(DNA)-2,3):
        codon = DNA[i:i+3:1]
        print(codon)
        for line in f:
            if line[0:3:1] == codon:
                protein += line[4:5:1]
                print(protein)
    return protein


prot('AGUCAGGAUAGUCUUA')

输出：

 AGU
 S
 CAG
 GAU
 AGU
 CUU

接下来的问题是：如何让内环对每个密码子起作用？

Answer 1

遍历文件 (for line in f:) 时，它会在到达文件末尾时停止。

您可以：

使用 f.seek(0)

或更改循环的顺序，以便您只遍历文件一次。

def prot(DNA):
    protein = ''

    with open(path, 'r') as f:
        for line in f:
            for i in range (0, len(DNA)-2,3):
                codon = DNA[i:i+3:1]
                print(codon)

                    if line[0:3:1] == codon:
                        protein += line[4:5:1]
                        print(protein)

    return protein

如何让内循环考虑外循环的每次迭代？

How do I make the inner loop consider each iteration of the outer loop?

python

loops

for-loop

bioinformatics