Snakemake + docker 示例，如何使用卷

Question

让我们有一个简单的蛇文件，比如

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

我想概括绘图规则，以便它可以运行在 docker 容器内，类似于

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

如果我理解得很好，当我运行 snakemake --use-singularity 我在 docker 容器中获得 somecommand 运行，输入 csv 文件不能发现没有容器的一些卷配置。

能否提供一个小的工作示例来描述如何在 Snakefile 或其他 Snakemake 文件中配置卷？

Answer 1

当您运行 snakemake 并告诉它使用奇点图像时，您可以这样做：

snakemake --use-singularity

您还可以将其他参数传递给奇点，包括绑定点，如下所示：

snakemake --use-singularity --singularity-args "-B /path/outside/container/:/path/inside/container/"

现在，如果您的 csv 文件在 /path/outside/container/ 中，则可以通过一些命令毫无问题地查看它。

请记住，如果您的内部路径和外部路径不相同，您需要在 snakemake 规则的不同部分中使用这两个路径。我是这样做的：

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    params:
        i = "inside/container/input/{dataset}.csv",
        o = "inside/container/output/{dataset}.pdf"
    singularity:
        "docker://joseespinosa/docker-r-ggplot2"
    shell:
        "somecommand {params.i} {params.o}"

当你运行这个snakefile时，绑定raw/到inside/container/input/，绑定plots/到inside/container/output/。 Snakemake 将在您的本地计算机上查找 input/output 文件，但会使用容器内部路径向容器提供运行的命令，一切都会很棒。

TL;DR：输入和输出中的本地路径，params 中的容器路径和 shell。在命令行调用中绑定本地和容器路径。

Snakemake + docker 示例，如何使用卷

Snakemake + docker example, how to use volumes

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