由于 nlsModel 中的错误，for 循环中的 nls 停止

Question

如果我运行一个 for 循环进行多次 nlsLM() 有时由于无用数据 Rstudio 停止并显示以下错误消息： “nlsModel（公式、mf、开始、wts）中的错误：初始参数估计的奇异梯度矩阵"

所以我知道不是每个数据集都可以估计拟合参数，但我不希望整个过程停止。

如果没有任何错误，系数存储在 result[x] - 所以现在我尝试了很多，如果无法拟合 NA 存储在 result[x] - 但没有成功。

xx <- c(1:10)
result <- vector("numeric")
width<- vector("numeric")
for(x in xx){
  temp <- long[ which(long$NR== x), ]
  Ytemp <- temp$Yield
  Ttemp <- temp$Treatment
  M <- nlsLM(Ytemp ~ (maximum + (minimum - maximum)/(1+exp((Ttemp- 
x0)/dx))), 
             start=list(x0=-10, dx=1))
  print(summary(M))
  result[x] <- coef(M)[1]
  width[x] <- coef(M)[2]
}

round(result, digits = 1)
round(width, digits = 2)
mean <- mean(result)
sd <- sd(result)

我很乐意得到提示！

马蒂亚斯

Answer 1

考虑 tryCatch 将 NA 分配给您的向量，以解决模型调用中的任何错误：

xx <- c(1:10)
result <- vector("numeric")
width<- vector("numeric")

for(x in xx) {
  temp <- long[which(long$NR== x),]
  Ytemp <- temp$Yield
  Ttemp <- temp$Treatment

  tryCatch({
     M <- nlsLM(Ytemp ~ (maximum + (minimum - maximum)/(1+exp((Ttemp-x0)/dx))), 
                start=list(x0=-10, dx=1))
     print(summary(M))             # PRINT MODEL SUMMARY
     result[x] <- coef(M)[1]       # ASSIGN COEF
     width[x] <- coef(M)[2]        # ASSIGN COEF

  }, error = function(e) {
     print(e)                      # PRINT ERROR MESSAGE
     result[x] <- NA               # ASSIGN NA
     width[x] <- NA                # ASSIGN NA
  })

}

round(result, digits = 1)
round(width, digits = 2)
mean <- mean(result, na.rm=TRUE)   # REMOVE NA
sd <- sd(result, na.rm=TRUE)       # REMOVE NA

由于 nlsModel 中的错误，for 循环中的 nls 停止

nls in for loop stops due to Error in nlsModel

r

loops

na

nls