在 linux 中将制表符转换为 fasta 格式

Question

我有文本 (infile-table.txt) 文件，其中两列由制表符分隔，如下所示：

TRINITY_DN5561_c0_g1_i1 len=391 path=[369:0-390] [-1, 369, -2]  TTGGCTGGAATTCAAAAGCTTTCGATT
TRINITY_DN15396_c0_g1_i1 len=235 path=[213:0-234] [-1, 213, -2] CGAGCTTGGGTAAATGGGATCAAACTAGATTA
len=298 path=[1:0-297] [-1, 1, -2]  GCTGTGATTTCTGCCATCGGAGAGGGCACAGACGGC

我想这样转换它们：

>TRINITY_DN5561_c0_g1_i1 len=391 path=[369:0-390] [-1, 369, -2] 
TTGGCTGGAATTCAAAAGCTTTCGATT
>TRINITY_DN15396_c0_g1_i1 len=235 path=[213:0-234] [-1, 213, -2]    
CGAGCTTGGGTAAATGGGATCAAACTAGATTA
>len=298 path=[1:0-297] [-1, 1, -2] 
GCTGTGATTTCTGCCATCGGAGAGGGCACAGACGGC

我试过但没有用的命令：

awk '{printf ">%s\n%s\n",,}' infile-table.txt > outfile.fasta

Answer 1

您只是缺少 "tab-separated" 位：

awk -F '\t' '{printf ">%s\n%s\n",,}' infile-table.txt
#...^^^^^^^

awk 程序可以做得更简洁一些，如果您愿意：将 output 字段分隔符设置为换行符并：

awk -F'\t' -v OFS='\n' '{ = ">" } 1' infile-table.txt

当您更改第一个字段时，awk 将使用 OFS 重新创建 $0，并且尾随“1”打印记录。

而且，由于您添加了 sed 标签：

sed 's/^/>/;s/\t/\n/' infile-table.txt

Answer 2

使用python！创建一个名为 "extract.py":

的文件

lines = open("infile-table.txt").readlines()

for line in lines:
    cols = line.split("\t")
    print(">"+cols[0]+"\n"+cols[1])

然后，运行在终端中："python extract.py"。

在 linux 中将制表符转换为 fasta 格式

Convert tab to fasta format in linux

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