在 ggridges 中绘制两个分类向量

Question

我有一个包含一些生物的数据集，我想在我的 y 轴上绘制它，而我想在 x 轴上绘制日期。但是，我希望曲线的波动代表生物体的丰度。即我想绘制一个时间序列，其中相对丰度由生物体分隔，以显示随时间变化的相似模式。

但是，当然，仅针对生物体绘制日期不会产生任何关于丰度的信息。所以，我的问题是，有没有办法使用 ggridges 使曲线代表丰度？

这是我的示例数据集代码：

set.seed(1)
Data <- data.frame(
  Abundance = sample(1:100),
  Organism = sample(c("organism1", "organism2"), 100, replace = TRUE)
)
Date = rep(seq(from = as.Date("2016-01-01"), to = as.Date("2016-10-01"), by = 
'month'),times=10)
Data <- cbind(Date, Data)

ggplot(Data, aes(x = Abundance, y = Organism)) + 
  geom_density_ridges(scale=1.15, alpha=0.6, color="grey90")

这会生成包含两种生物的图，但是，我想要 x 轴上的日期而不是丰度。但是，这不起作用。我读过您需要指定 group=Date 或将日期更改为儒略日，但是，这并没有改变我没有将丰度纳入情节的事实。

有没有人有针对 ggridges 中的连续变量绘制日期与分类变量（即有机体）的图示例？

我真的很喜欢从 ggridges 输出并且希望能够将它用于这些可视化。预先感谢您的帮助！

干杯，安妮

Answer 1

要使用 geom_density_ridges，与 Abundance.

总结的相比，它有助于重塑数据以在单独的行中显示观察结果

library(ggplot2); library(ggridges); library(dplyr)
# Uncount copies the row "Abundance" number of times
Data_sum <- Data %>%
  tidyr::uncount(Abundance)

ggplot(Data_sum, aes(x = Date, y = Organism)) + 
  ggridges::geom_density_ridges(scale=1, alpha=0.6, color="grey90")

在 ggridges 中绘制两个分类向量

plotting two categorical vectors in ggridges

r

ggplot2

ggridges