R（和 dplyr？）- 按组从数据帧中采样，最大样本大小为 n

Question

我有一个数据框，其中每组包含多个样本 (1-n)。我想对这个数据集进行采样，而不进行替换，这样每组 (1-5) 最多有 5 个样本。

这个问题以前. In this question @evolvedmicrobe的回答是我最满意的，过去一直有效。这似乎在过去一年左右就坏了。

这是我想做的一个可行的例子：

来自 mtcars，按 "cyl" 分组时行数不同。

table(mtcars$cyl)
 4  6  8 
11  7 14

我想创建一个子样本，其中每组气缸的最大汽车数量为 10。理论上，生成的行数如下所示：

table(subsample$cyl)
 4  6  8
10  7 10

我天真的尝试是：

library(dplyr)
subsample <- mtcars %>% group_by(cyl) %>% sample_n(10) %>% ungroup()

但是，因为一组少于 10 行：

Error: size must be less or equal than 7 (size of data), set replace = TRUE to use sampling with replacement

@evolvedmicrobe对此的回答是创建一个自定义采样函数：

### Custom sampler function to sample min(data, sample) which can't be done with dplyr
 ### it's a modified copy of sample_n.grouped_df
 sample_vals <- function (tbl, size, replace = FALSE, weight = NULL, .env = parent.frame()) 
 {
   #assert_that(is.numeric(size), length(size) == 1, size >= 0)
   weight <- substitute(weight)
   index <- attr(tbl, "indices")
   sizes = sapply(index, function(z) min(length(z), size)) # here's my contribution
   sampled <- lapply(1:length(index), function(i) dplyr:::sample_group(index[[i]],  frac = FALSE, tbl = tbl, 
                                       size = sizes[i], replace = replace, weight = weight, .env = .env))
   idx <- unlist(sampled) + 1
   grouped_df(tbl[idx, , drop = FALSE], vars = groups(tbl))
 }

 samped_data = dataset %>% group_by(something) %>% sample_vals(size = 50000) %>% ungroup()

此功能过去有效，我刚刚尝试重新运行它但它不再有效，相反，它会返回与 mtcars 示例当前相同的错误：

library(dplyr)
subsample <- mtcars %>% group_by(cyl) %>% sample_vals(10) %>% ungroup()

Error in dplyr:::sample_group(index[[i]], frac = FALSE, tbl = tbl, size = sizes[i], : unused argument (tbl = tbl) Called from: FUN(X[[i]], ...)

有没有人有更好的按组抽样的方法，无需替换，达到每组的最大大小？我通常不是 dplyr 的大用户，因此也欢迎来自 base R 或其他软件包的所有选项。

否则，有没有人知道为什么之前的解决方法已停止工作？

感谢大家的宝贵时间。

Answer 1

对于一个简单的函数，你可以使用这个变通方法，它首先炸毁样本不足的组，然后在最后过滤掉它们：

library(dplyr)
library(tidyr)

size <- 10

subsample <- mtcars %>% 
  group_by(cyl) %>% 
  mutate(group_count = n(), 
         group_count_along = 1:n()) %>% 
  ungroup() %>% 
  complete(cyl, group_count_along) %>% 
  group_by(cyl) %>% 
  filter(group_count_along <= max(group_count, size, na.rm = T)) %>% 
  sample_n(size) %>% 
  ungroup() %>% 
  filter(group_count_along <= group_count)

table(subsample$cyl)
 4  6  8 
10  7 10

Answer 2

这是一个使用 slice -

的简单解决方案

samples_per_group <- 10

subsample <- mtcars %>%
  group_by(cyl) %>%
  slice(sample(n(), min(samples_per_group, n()))) %>%
  ungroup()

table(subsample$cyl)

#  4  6  8 
# 10  7 10

Answer 3

函数 sample_group 已更新，参数 tbl 和 .env 已删除。从 sample_vals 函数中删除这些参数并删除 +1 可恢复函数的功能。

require(dplyr)

sample_vals <- function (tbl, size, replace = FALSE, weight = NULL){
    ## assert_that(is.numeric(size), length(size) == 1, size >= 0)
    weight <- substitute(weight)
    index <- attr(tbl, "indices")
    sizes <- sapply(index, function(z) min(length(z), size)) # here's my contribution
    sampled <- lapply(1:length(index),
                      function(i) dplyr:::sample_group(index[[i]],  frac = FALSE, 
                                                       size = sizes[i],
                                                       replace = replace,
                                                       weight = weight))
    idx <- unlist(sampled) ## + 1
    grouped_df(tbl[idx, , drop = FALSE], vars = groups(tbl))
}

samped_data <- mtcars %>% group_by(cyl) %>% sample_vals(size = 10) %>% ungroup()

table(samped_data$cyl)

Answer 4

使用 base R 也很简单，例如：

do.call(rbind, lapply(split(mtcars, mtcars$cyl), function(x) {
  n <- nrow(x)
  s <- min(n, 10)
  x[sample(seq_len(n), s),]
}))

输出中的行将按 cyl 排序——但行顺序可能并不重要。

R（和 dplyr？）- 按组从数据帧中采样，最大样本大小为 n

R (and dplyr?) - Sampling from a dataframe by group, up to a maximum sample size of n

r

subsampling

dplyr